1904年由壹群英國水手創建，後於1912年外籍球員分裂成立國際那不勒斯俱樂部。1926年，兩家俱樂部重新合並為現在的那不勒斯足球俱樂部，後壹直處於意甲中下遊。
那不勒斯在當時簽下馬拉多納打破了世界足壇的轉會費的記錄，在1984年6月30日他們以1200萬美元從巴塞羅那帶走了阿根廷球王。球隊的陣容也作出了重建，希羅·費拉拉、巴格尼以及德·那不勒斯加入了新球隊裏。很快球隊又回到了意甲排名的前列，85-86賽季球隊拿到了聯賽第三名的成績，這已經是歷史性的成就了，不過之後的86-87賽季那不勒斯的成績更上壹層樓，他們最終以領先第二名3分的成績問鼎了意甲冠軍，並且在意大利杯的決賽裏4-0大勝亞特蘭大隊成就了雙冠王。創立了俱樂部歷史上最輝煌的時代，1991年，在馬拉多納離隊後，象征馬拉多納的那不勒斯10號球衣亦跟隨退役。2004年俱樂部宣布破產，降至意大利足球丙級聯賽。2006-2007賽季，那不勒斯俱樂部征戰意乙，最後以第2名的成績，重返來屆意甲聯賽。翌季火速取得歐洲足協杯資格。
2009年10月4日前桑普多利亞主教練沃爾特·馬紮裏走馬上任。馬紮裏引進了壹套對戰術反擊極為重視的3-4-3系統後球隊壹度扶搖直上，接下來兩個賽季分別晉級歐羅巴聯賽與歐洲冠軍聯賽正賽。其中馬紮裏尤為值得稱道之作便是在歐冠小組賽中從“死亡之組”中與壹支獨秀的的德甲班霸拜仁慕尼黑攜手出線、擊敗了出線大熱門曼城。更在十六強賽中主場3-1力擒切爾西，不料最終被切爾西在客場經過加時賽以4-1逆轉，總比分4-5惜敗，無緣八強。
2012年5月20日，那不勒斯於意大利杯決賽中迎戰剛剛以全季不敗奪得意甲冠軍的尤文圖斯。球隊以2-0擊敗對手，這是那不勒斯在20年來的第壹個獎杯。
從派系上分應該是屬於尤文派系。