穆宗皇帝去世，大學士高拱想排擠馮保，囑咐禦史官彈劾他。魏學曾修書大學士張居正，說：“朝廷官吏都說您與馮保有圖謀，先帝遺詔也是出自您之手。今天的事情是不應該庇護這個閹官。”張居正大怒。等到高拱被趕出朝廷，滿朝的文武都大驚失色。唯獨魏學曾高聲地說：“皇上登位伊始，就貶逐顧命大臣，詔書出自何人，不能不公開告訴百官。”他要求各位大臣到張居正的府邸爭論此事，各大臣大多數不肯去，張居正也以疾病推辭諸臣來訪，從此更加與張居正相違悖。魏學曾貶為南京右都禦史。沒有上任，給事中宗弘暹迎合張居正彈劾他。朝廷下詔讓他以過去的官職等候調遣，魏學曾於是回到家鄉。張居正死了壹年多後，他被起用為南京戶部右侍郎。征召為右都禦史，督察倉場。不久從南京戶部尚書任上退休。
萬歷十八年(1590)，順義王扯力克西赴青海，火落赤、真相進犯洮河，副總兵李奎、李聯芳先後被殺。朝廷命尚書鄭洛經營管理七鎮並兼任總督，鄭洛堅持推辭任總督之職。第二年春天，內閣大臣王錫爵推薦魏學曾。於是，魏學曾起用為兵部尚書，總督陜西、延、寧、甘肅軍務。當時鄭洛壹心壹意主張議和。魏學曾到來後，與他意見不合。陜西巡撫葉夢熊幫助魏學曾。起初，順義王受封時，葉夢熊因為直言勸諫阻止而獲罪。魏學曾也向高拱說不便於這樣做。這時，扯力克幫助叛亂，魏學曾、葉夢熊想征討他們，抨擊鄭洛不認真對待敵人。恰好扯力克東歸，火落赤諸部也遷走，魏學曾上奏認為扯力克雖然歸去，暗地裏卻留了兩萬精兵在嘉峪，想幫助火落赤、真相。這個話本來是道聽途說，朝廷官吏卻爭相附和。王錫爵心裏後悔，上疏奏明，又送信責備葉夢熊。兵部尚書石星以為順義王既然東歸，宣府大(同)事情就很緊急。將鄭洛召回商議安撫事宜，不理魏學曾的奏疏。沒有多久，河套部落首領土昧明安完成互市交易，要求增加賞賜。魏學曾命令總兵杜桐、神木參將張剛、孤山遊擊李紹祖出其不意斬殺明安，俘殺四百八十余首級，奪馬匹器械無數。魏學曾因功加封為太子少保。而明安的兒子擺言太聲明要復仇，號召各部落。
第二年，継拜反叛，於是煽動諸部落叛亂。継拜，西部人，嘉靖中得罪其部落首領，父親兄弟都被殺死，継拜逃脫投降朝廷，英勇善戰屢立戰功。前任督撫王崇古、石茂華先後奏請加封他為副總兵，於是多收集壹些亡命之徒。其子承恩，是継拜夢到妖物進入他的妻子施的肋骨後而出生的，身體像狼，啼哭像梟，性格兇狠、乖戾。継拜老了，承恩承襲他的爵位。萬歷十九年(1591)，洮河有警報，禦史周弘礻侖推舉承恩及指揮土文秀、継拜義子継雲等。巡撫黨馨下令文秀西援，継拜謁見經略鄭洛，表示願意與兒子承恩壹同出師。黨馨討厭他的自薦，故意壓制他，継拜因此心生怨氣。到金城，看見各鎮士兵都出於他的手下。等到擊退叛賊，取道塞外回來，敵人騎兵遇到他都避開，於是有輕視中原內外之心。黨馨數次裁制継拜，並且按治承恩罪行鞭打了他二十下，継雲、土文秀也因為其他原因怨恨黨馨。恰好戍卒請求衣服、糧食，很久都沒有得到。継拜就唆使軍隊先鋒劉東陽、許朝犯上作亂。萬歷二十年(1592)二月殺死黨馨及副使石繼芳，逼迫總兵官張維忠自殺。継雲、土文秀殺死遊擊梁琦，守備馬承光、劉東..，自稱總兵，推舉継拜為主謀，承恩、許朝為左、右副總兵，継雲、土文秀為左、右參將。承恩於是攻陷玉泉營、中衛、廣武，黃河以西地帶望風而降。只有土文秀進攻平虜，參將蕭如黨堅守不投降。叛賊已經奪取了黃河以西四十七座城堡，而且渡過了黃河，又誘使河套著力兔、宰僧進犯平虜、花馬池，陜西全境震動。
魏學曾下令副總兵李日句率遊擊吳顯趕赴靈州，另遣遊擊趙武赴鳴沙州，沿黃河壹帶阻止叛賊南渡，自己進駐花馬池，正當叛賊的沖要。李煦等渡過黃河，叛將大多逃跑，四十七座城堡全都收復，只有寧夏鎮城還被叛賊盤踞。著力兔等部落與明兵叛軍遙相呼應，継拜、土文秀進攻趙武於玉泉。継雲引導著力兔攻平虜，如薰設下埋伏射死継雲。李日句回救趙武，圍困才解除。四月，李日句領兵與前任總兵牛秉忠抵達寧夏鎮城下。皇上已提拔董壹奎為總兵，李賁為副職。不久，又提拔如薰代替董壹奎，以麻貴代替李賁。他們還沒有到，李日句等已經攻城。叛賊從東西二個門各出驍勇善戰的騎兵三千迎戰，步兵排列火車為陣營。官軍沖上來，奪得戰車百輛乘勝追擊，將叛軍逼入湖內，叛軍淹死的不可勝計。副總兵王通作戰尤其賣力，他的家丁高益等乘勝進入北門，後因援兵沒到而被殺死，王通也負了傷，榆林遊擊俞尚德力戰而死。第二天，許朝、土文秀脅迫慶王登上東城，乞求暫時罷兵，詭稱願意獻出首倡叛亂者的腦袋。正好官軍糧食吃完了，於是領兵退去，在附近城堡休整。
魏學曾日夜辦理糧草，調動延綏、莊浪、蘭、靖、榆林的部隊。道路遙遠，打造的船只也沒有準備好，於是駐於花馬池，等部隊壹到就移到靈州。很快，延綏遊擊姜顯謨、都司蕭如蕙，甘州前任總兵張傑及麻貴軍都到了，又抵達寧夏鎮城進攻。叛賊考慮到延綏、榆林兵士出來後，城內空虛，便勾結黃臺吉的妻子，命令他兒子舍達夫、侄子火落赤、土昧鐵雷攻掠舊安邊、磚井堡以牽制官兵。継承恩又以計謀集合叛賊兵力，埋伏在延漢渠，搶掠二百輛運糧的車子。魏學曾從花馬池回靈州，被叛賊包圍，救援部隊到後才解圍。麻貴等數次攻城未能攻下，叛賊殺死慶王的妃子，將宮人、金帛壹搶而空。朱秉忠在戰鬥中右腿負傷，於是官軍再次將部隊撤回。皇上聽從尚書石星的建議，賜給魏學曾尚方寶劍督戰。正好寧夏巡撫朱正色、甘肅巡撫葉夢熊、監軍禦史梅國楨，各位大將劉承嗣、董壹奎、李如松先後到來，六月再壹次攻城，連戰不下。
起初，魏學曾想招降劉東..、許朝，命令他們殺死継拜父子以贖罪，派遣部下葉得新前去。劉東..等四人相約同日同月死，於是折斷葉得新的小腿，將他關在獄中。巡撫朱正色聽信叛賊詭稱請求投降的話，張傑曾總管過寧夏兵，過去與継拜很要好，於是，朱正色派他進城招降。許朝於是命令葉得新與張傑見面，葉得新大罵叛賊，被殺死，張傑也被扣壓不讓他回去。魏學曾以叛賊要求安撫為之請求，皇帝嚴厲地予以責備。等到這時，鎮城中百戶姚欽、武生張遐嶺用箭將壹信射到城外，相約為內應，半夜點火為信號。火點後，城外的官軍未到，叛賊將與姚欽同謀的人五十余人殺死。姚欽逃了出來，投奔魏學曾。當時，叛賊對外假意要求撫恤以緩兵，暗地裏與盜匪勾結，然而糧食已吃完，形勢更為不利。七月，魏學曾與葉夢熊、梅國楨定下計策，決黃河大壩讓黃河之水灌城，水達到城下。此時，河套盜匪蔔失免、莊禿賴率三萬騎兵進犯定邊、小鹽池，以土昧鐵雷為前鋒，而另外派遣宰僧領萬騎從花馬池西沙湃口進攻，聲援継拜。麻貴在右溝阻擊，其士氣稍稍有些挫折，分路赴下馬關及鳴沙州。魏學曾命令遊擊龔子敬扼守沙湃口，征召延綏總兵官董壹元搗毀土昧鐵雷的巢穴，斬首壹百三十余級，盜寇大驚而走。在沙湃口遇上龔子敬，將他重重包圍，龔子敬戰死，外寇也離開了，叛賊的援軍沒有了。魏學曾增大壩水決口。八月，黃河決口，大堤毀壞，又修治大堤，城外水深有八、九尺，東西城崩塌百余丈。著力兔、宰僧又進入李剛堡。李如松、麻貴等打敗他們，將他們壹直追趕到賀蘭山。叛賊更加害怕，要求和議，懸而未決時，魏學曾因得罪被罷官。朝廷命令葉夢熊代替他，葉夢熊於是取得成功。
起初，魏學曾遣人招降劉東..、許朝，曾在固原停留十余日等待消息，皇帝責備他玩忽職守。李日句渡黃河又遲了點，松山、河套的盜匪先進入，官軍由是再次失利。魏學曾曾上疏要求監軍不要參與兵事，皇上命令梅國楨遵守這壹點，梅國楨頗不滿意。等他來到軍隊，梅國楨彈劾諸將觀望，而定魏學曾玩忽職守罪。給事中許子偉也彈劾魏學曾為招撫所迷惑，耽誤了國家大事。梅國楨又說僉事隨府從城上逃下，叛賊命令四個人下來捉拿，我軍距離咫尺卻不敢上前救援，又北邊盜匪數萬人截斷我軍糧道，殺戮無數，卻隱匿而不上報。皇上於是大怒，將魏學曾逮至京城。魏學曾逮捕不到壹個月，寧夏城破，明朝大軍乘勢而入，叛賊被滅。
魏學曾任事勤勞。灌城招降的計策，本來是他的建議。等到宣報大捷，皇上召見大學士趙誌臯、張位，趙、張二位極力為魏學曾辯解，尚書石星以下多說魏學曾無罪。梅國楨也上疏說：“魏學曾應變稍慢，臣請求責備諸將是要振奮士氣，而逮捕魏學曾的命令，發自我的上疏，我暗暗地感到悔恨，魏學曾不昭雪，我將受到萬世的譏諷。”李如松也說：“魏學曾被逮捕時，三軍將士淚如雨下。”葉夢熊也將功勞歸於魏學曾。皇帝開始不聽，後恢復他的官職。魏學曾在家鄉居住數年後死去。葉夢熊因為功勞提拔為右都禦史。