劇情簡介：霍格沃茨魔法學校裏有壹間密室,密室裏隱藏著蛇怪,它的目光可以殺死人,伏地魔利用他早年留下的日記,驅使壹個小女孩打開了密室,放出了蛇怪,學校面臨著要被關閉的命運,哈利波特和同伴設法找到了密室,哈利用鳳凰帶來的寶劍殺死了蛇怪,也消滅了伏地魔保存在日記裏的記憶。
情節介紹：
暑假的某壹天盧修斯·馬爾福的家庭精靈多比出現在哈利的臥房裏，警告他如果回到了霍格沃茨，就會有生命危險。多比急著想阻止哈利回到學校，不過哈利沒有理會警告，所以多比使用了魔法，將蛋糕砸在壹位重要客戶的頭上，德思禮壹家誤以為是哈利闖的禍，把哈利鎖在房間，而且多比甚至攔截了羅恩和赫敏寫給哈利的所有信件，但是盡管有這個精靈來攪局，羅恩和他的幾個哥哥還是把意誌堅定的哈利，從德思禮家人的魔掌中救了出來，開著壹輛會飛的車子，接到韋斯萊家中。
哈利等人去購買課本時，遇上知名作家吉德羅·洛哈特的簽名會，洛哈特發現哈利後與他合照留念，還送著作壹套，並當場宣布將會到霍格沃茨擔任黑魔法防禦術教師。他們遇上了馬爾福父子，盧修斯還趁大家不註意時，把湯姆·裏德爾的日記塞進金妮的大釜中。沒想到開學當天，哈利和羅恩竟然進不了月臺，無法搭上特快車的哈利與羅恩，只好偷開羅恩爸爸的飛天魔法車趕往學園，結果卻撞壞了珍貴的渾拼柳，羅恩的魔杖被折斷了，因為渾拼柳斷了讓斯內普大發雷霆，差點將他們趕出校園。
上學期哈利擊退伏地魔的事跡，讓他成了全校師生矚目的焦點，有三個人特別關註哈利：除了洛哈特教授之外，還有壹直仰慕哈利且喜歡攝影的科林·克裏維以及羅恩的妹妹金妮·韋斯萊。
但是學校卻突然發生怪事!先是管理員費爾奇的貓，不知道為什麽竟然被‘石化’了。案件不斷，鬼魂被石化，接著赫敏在圖書館查詢怪物的資訊時，也不幸被石化，卻撕下書本壹角重要訊息—蛇妖……學校相傳，學校創辦人之壹薩拉查·斯萊特林因為堅持只收純種巫師而與其余三位創辦人意見不和而離開學校，但在他離開學校前，在學校裏面建造了壹間密室，只有他或“斯萊特林的傳人”才知道如何進入，這間密室是為了清除學校中血統不純的學生而建造的，傳言密室內居住了可怕的怪物。由於哈利會說爬說語，讓大家壹度認為哈利·波特是兇手。
某天哈利無意中在女廁撿到裏德爾的日記，看到50年前，裏德爾指控飼養巨型蜘蛛阿拉戈的海格，正是打開密室使當時壹位學生死亡的人，海格因而被開除。聽到這件事的福吉把海格關進阿茲卡班以防萬壹。同時，盧修斯·馬爾福威脅學校理事會要求鄧布利多停職，其原因是鄧布利多無法阻止攻擊事件。在鄧布利多離開前，留下的壹句話：“當這裏不再有任何人忠於我的時候，我才會真正離開這個學校。只要發出求救信號，必然會有人對霍格沃茨伸出援手。”而這句話似乎是對哈利和羅恩說的。
在學校裏面的壹面墻出現了“她的屍骨將會永遠留在密室裏!”，原來金妮被抓進了密室。危急的時刻到了！在海格的提示下，哈利和羅恩從海格在50年在城堡養大的蜘蛛阿拉戈口中得知海格在50年前並沒有打開密室，而密室中存在著它們最害怕的怪物。而那時死亡的是在女廁的桃金娘! 哈利和羅恩找到密室的入口，正是女廁的洗手盤位置，並且成功進入了密室。
他發現，打開密室造成襲擊的人是金妮，不過金妮是被控制了而做出壹系列舉動，原來是日記中的魔法控制了她。伏地魔在霍格沃茨時的名字是湯姆·裏德爾，湯姆·裏德爾的日記使金妮受到了控制。
當初裏德爾成功打開密室，嫁禍並告發了海格以後，認為變形術老師鄧布利多壹直懷疑他才是真正打開密室的人，於是放棄繼續打開密室，並把這段記憶保存在日記中。湯姆·裏德爾保存在日記中的靈魂因偷了金妮的生命力而強大，他放出了蛇妖對抗哈利，千鈞壹發之際，鄧布利多的鳳凰為哈利送來分院帽，分院帽召喚出戈德裏克·格蘭芬多寶劍，哈利用劍殺死了蛇怪。裏德爾因為蛇的毒牙刺進日記本而消失，金妮恢復了生命。這本日記是盧修斯在開學前偷偷藏在金妮的大釜中的，但是哈利沒證據，不能指控盧修斯·馬爾福。
哈利把他自己的襪子夾在殘破的日記中交給盧修斯·馬爾福，盧修斯非常生氣，順手把襪子丟給了他的家養小精靈多比。按照慣例，只要主人把衣物送給家養小精靈代表給他們自由，所以多比因此獲得自由之身。後來又發現洛哈特的書，只是盜取別人的冒險故事寫成的。當洛哈特想要讓兩人記憶消失時，卻因為打中羅恩的魔杖而反彈，導致自己失憶，後來壹直待在聖蒙果醫院，無法擔任教授。學期結束時，由於哈利與羅恩的貢獻加分，使格蘭芬多再壹次奪得學院杯冠軍。