在1575年，威廉王子管理著歐洲少數沒有大學的地區之壹。此時文藝復興已開始凸顯學術研究的重要性；為了獎勵萊頓市民在1574年抵抗西班牙軍隊的英勇表現，威廉王子遂在此設立大學。
傳說威廉王子當時給萊頓市民兩個選擇，壹者是免稅，壹者是大學；市民認為免稅令可被撤銷，大學卻能延續百年，是故選擇了後者。
萊頓大學內設有荷蘭最早的植物園——萊頓植物園。
萊頓大學仍執許多研究領域之牛耳，包括自然科學、醫學、社會與行為科學、法學、藝術及文學等等，並與四十余個國立研究機構合作。荷蘭的最高學術榮譽──斯賓諾莎獎的28位得主中，有7位在萊頓執教。Academiegebouw裏懸掛著創校以來的著名教授畫像。
獲得獨立後的荷蘭隨著經濟和政治迅速崛起，也為大學教育的發展創造了必備的條件，但是當時的萊頓大學要想躋身世界壹流大學的行列，就必須不惜重金，招聘到第壹流的學者來校任教。
在創辦初期，萊頓大學就從歐洲各國招聘到各個學科的著名學者，並且為他們提供最優厚的待遇。正是這些來自不同國家的大師們來校任教，才為剛剛創辦的萊頓大學搭建起了包括語言學、醫學、天文學、自然科學在內的壹系列學科框架。
許多外國人慕名來到這裏求學。學校統壹使用拉丁文授課，所以來自德國、法國、蘇格蘭、奧地利等國大學生都可以在這裏聽課。
萊頓大學是荷蘭天文學和考古學研究的發源地。1927年，沃爾特教授提供了充分的證據，表明太陽系的所有星球都圍繞銀河系的中心旋轉。
1、萊頓城與大學的融合
萊頓約有10余萬人口，萊頓大學的許多建築也是萊頓非常重要和具有現代特色的建築。萊頓城與萊頓大學已融合在壹起，變成了名副其實的大學城。
萊頓大學的130多座建築設施，分布在萊頓市的各個角落。萊頓大學建築的主要部分在這座歷史名城的中心或中心附近，大學辦公樓和信息中心大樓位於萊頓中心火車站東側，大學圖書館“杜倫”建築群（文科）位於市中心南側風景秀麗的護城河畔，豪萊斯實驗室（化學和醫學）、惠更斯實驗室（生物物理、天文和天文物理）、計算中心研究所、數學研究所、醫學院及附屬醫院，各種生物化學實驗室，分布在西城區，以荷蘭著名物理學家、現代超導研究奠基人命名的海克·卡末林·昂納斯實驗室坐落在市中心。 這些建築設施為萊頓市容增添光彩，使萊頓贏得“大學城”的美名。因為萊頓大學與萊頓市融為壹體，大批在這座歷史名城中居住和學習的學生深深地影響了萊頓的生活。
在萊頓還有眾多的博物館，如國家古代風俗博物館和人類文化學博物館等。萊頓大學植物園是歐洲最古老的植物園之壹。
2、萊頓大學植物園
還有壹件事情可以證明當年萊頓人辦大學的雄心，那就是這座於1592年由植物學家科魯西斯親自為學校建立起來的荷蘭王國第壹座植物園。當時人們通過研究生物界的多樣化來建立生物科學體系。園中收集的植物在當時就達到1700多種，後來又發展到3000多種，在16世紀末，還只有意大利和德國的五所院校擁有這樣的用於教學的植物園。
今天人們到這裏來主要是觀賞和休閑，園中幾千種依然茂盛的植物不僅為人們展示著自然之美，也展示著幾個世紀以前的學術景象。
3、人類第壹次屍體解剖課
實驗生理學傳統開始於17世紀，它把生物體看成壹臺機器，通過了解其生理結構來解釋其生命功能。屍體解剖就是壹個重要突破。
1589年，保夫在萊頓大學進行了第壹次公開解剖，同時進行講解。這在當時不僅是科學研究上的偉大嘗試，同時在觀念上無疑是對神權的挑戰。
三年後，根據保夫的設計，學校為解剖學專門建成了壹個類似羅馬競技場的圓形階梯教室，這種設計的目的是為了讓在場的每個學生都能清楚地觀看人體解剖的全過程。當時歐洲其它的老牌大學還沒有這樣的設施。
最初上解剖課時，學生們自己不能動手。由於條件的限制，這壹學術活動也僅限於冬天進行。人們把解剖屍體視為壹次重大事件，每進行壹次解剖，學校所有課程都要停止。
萊頓大學的醫學研究更多地向自然科學靠攏是從布爾哈芬開始的，他本人既是壹個醫學家，也從事數學、力學和靜力學研究。各國學生都湧向萊頓，拜他為師。布爾哈芬編寫的醫學教材和化學課本都被歐洲各國大學所采用，他因而享有“歐洲教育大師”的美譽。
4、第壹臺心電圖儀的誕生
今天的萊頓大學醫學中心從建築風格上已經看不出17、18世紀臨床大講堂的痕跡，它既是世界壹流的醫學研究中心，也是荷蘭最大的醫療機構，這裏的研究人員壹般都身兼兩職，壹邊從事研究，壹邊服務病人。他們在免疫學、器官移植、基因和傳染病研究領域壹直處於國際領先的水平。
壹百年多前，萊頓大學的醫學教授恩特霍芬花了整整30年時間，終於完成了心電圖原理的研究，並研制出人類第壹臺心電圖儀，這壹發明使心臟疾病的診斷有了精確的依據。直到今天，心電圖仍然是診斷心臟病最常見和最可靠的手段。恩特霍芬因為他對人類健康所做出的偉大貢獻而獲得1924年諾貝爾醫學獎。
5、現代物理學奠基之地
19世紀末20世紀初，近代科學的發展開始出現轉折，傳統的機械論受到置疑，人們的世界觀和科學觀註定要面臨再次的震蕩。在經歷了壹個世紀的沈寂之後，萊頓大學也迎來了自己第二個黃金時代，先後有四名教授獲得諾貝爾獎，其中包括在1902年獲得諾貝爾物理學獎的洛倫茲。
洛倫茲在物理學上的突出貢獻是創立經典電子論，人們將運動電荷在磁場中所受的力稱作洛倫茲力，把磁***振光譜線稱作洛倫茲譜線，在狹義相對論中還有壹個重要的公式也叫洛倫茲變換，這些理論都為現代物理學研究奠定了堅實的理論基礎。
愛因斯坦曾經在壹篇文章中談到他聽洛倫茲講座的感受：這些演講是洛倫茲在退休後為青年研究者定期做的壹件事。從這位卓越人物口中講述出來的科學理論，竟象是優等的藝術作品壹樣明晰和美麗，而且表現得那麽流暢和平易。那是我從別的任何人那裏都從未感受過的。
1878年，25歲的洛倫茲被荷蘭皇家學會破格任命為理論物理學教授。之後，洛倫茲在萊大執教45年之久。
另壹位諾貝爾獎獲得者卡麥林·昂納斯在低溫和超導方面的貢獻也同樣是革命性的。
昂納斯為萊頓大學建立了世界上第壹座低溫物理實驗室，他去世後，這座實驗室以他的名字命名，至今仍然是世界低溫物理研究中心。“從實驗中獲得知識”，這是昂納斯生前的名言，今天它仍然高懸在實驗室的大門上。在這裏，昂納斯生前的事業從未停止過。
每隔兩周的星期三，萊頓大學物理系都會舉辦學術報告會，這樣的傳統已經堅持了壹百多年時間，從未間斷。
壹個多世紀以來，幾乎所有著名物理學家都會到萊頓大學演講。在萊頓大學有壹面簽名墻，在這上面，我們可以看到幾乎所有著名物理學家的簽名，其中就包括華人們耳熟能詳的楊振寧。
在這裏，著名學者演講完後，不是冷冰冰地離開講堂，而是和老師同學壹起聊天、進餐，暢談夢想。對於壹代代萊頓大學的師生們來說，可以親眼目睹這些科學巨匠的風采，親耳聆聽他們的教誨，是不可多得到寶貴財富。
6、全歐洲的漢學研究中心
萊頓大學發展東方語言研究的原因很多。首先是對外貿易和政治的實際需要。荷蘭同越來越多的東方國家建立了貿易往來關系， 19世紀下半葉，蘇伊士運河的通航，促進了荷蘭同遠東各國的交往，同時也促進了萊頓大學的傳統學科東方學的繁榮。從1851年開始，大學就設立了中文和日文專業。
這裏珍藏的中文籍對於西方學者來說，是壹個寶藏，正是借助這些原文書籍，萊頓大學的漢學研究始終保持著原汁原味。
萊頓大學漢學院的圖書館是荷蘭唯壹的壹所中文圖書館，集中收藏了各地的中文圖書，因而也使其藏書量居歐洲各國中文圖書館中的第壹位。這個中文圖書館使萊頓大學成為歐洲名副其實的漢學中心。歐洲各國學者都慕名前來查閱典籍。萊頓大學漢學院同時也是整個歐洲的漢學研究中心。
7、戰爭中意外的禮物
萊頓市的形象首先是在戰爭中造就的。16世紀初，荷蘭正處在西班牙王國的統治下，為了爭取獨立，荷蘭人展開了反抗西班牙人的“八十年戰爭”。1574年，萊頓城受到西班牙軍的圍困，居民拒不投降，壹直堅持到10月3日，荷蘭抵抗部隊才趕來援助，給饑餓的市民運來了面包和鯡魚。10月3日因此成為萊頓市的解放日，每年的這壹天，全市都要舉行慶祝活動，由市政府給每位市民贈送壹份面包和鯡魚，這種儀式壹直延續到今天。
1574年12月，當時獨立戰爭的領袖威廉·馮·歐朗葉親王向政府提出創辦壹所大學的建議，為了表彰萊頓市民在捍衛民族獨立的鬥爭中所表現出的英勇頑強的精神，政府將這壹殊榮首先給了萊頓市。1575年2月8日荷蘭王國有史以來第壹所高等學府終於在這座小城誕生，盡管當時戰爭還在其他地區繼續，但是這壹天對於萊頓市的市民來說卻是壹個值得慶祝的日子。
萊頓大學誕生的年代也是科學革命的年代，哥白尼提出日心說，伽利略開創科學實驗傳統，新大陸相繼被發現，這些偉大成就都使人們的思維從封閉的世界，走向無限的宇宙。
8、優厚的待遇吸引知名學者
獲得獨立後的荷蘭隨著經濟和政治迅速崛起，也為大學教育的發展創造了必備的條件，但是當時的萊頓大學要想躋身世界壹流大學的行列，就必須不惜重金，招聘到第壹流的學者來校任教。
在創辦初期，萊頓大學就從歐洲各國招聘到各個學科的著名學者，並且為他們提供最優厚的待遇。正是這些來自不同國家的大師們來校任教，才為剛剛創辦的萊頓大學搭建起了包括語言學、醫學、天文學、自然科學在內的壹系列學科框架。
許多外國人慕名來到這裏求學。學校統壹使用拉丁文授課，所以來自德國、法國、蘇格蘭、奧地利等國大學生都可以毫無困難地在這裏聽課。
1578年，歐洲壹位重要的人文主義者利普西斯（JustusLipsius）,辭掉了比利時魯汶大學的職務，到萊頓大學任教。利普西斯的到來，使萊頓大學日益聞名於歐洲知識界。壹年以後，法國的法學家多耐呂斯（HugoDonellius）從德國的海德堡來到萊頓大學。1582年，《草藥書》的作者多多納斯(R.Dodonaeus)離開維也納宮庭前來萊頓大學醫學院授課，為萊頓大學醫學院帶來了聲譽，擴大了影響。萊頓大學的學監們十分重視知名學者的作用，盡管如此，由於宗教的影響，1591年利普西斯重返天主教會，回魯汶大學執教。為再聘請壹位象利普西斯壹樣威望很高的人文主義者和語言大師，學監們盡心竭力，甚至連當時的荷蘭總督毛利茨親王也親自過問此事。他們選中了著名的語言學家、法國的史卡裏格，以優厚的待遇邀請他到萊頓大學任教，為保證史卡裏格的安全抵達，荷蘭特派艦隊前往意大利迎接。
在歷史上，萊頓大學的科研也取得了出色的成績。萊頓大學是荷蘭天文學和考古學研究的發源地。1927年，沃爾特教授提供了充分的證據，表明太陽系的所有星球都圍繞銀河系的中心旋轉。
萊頓大學的低溫實驗室創造了只比絕對零度高千分之壹度的低溫，因而可以稱之為“世界上最冷的地方”。該實驗室還第壹次實現了氦的液化，及發現了金屬中的超導現象。
據不完全統計，有至少十六位位諾貝爾獎得主曾在萊頓大學求學、科研、執教或者講學。
1920年-1946年，阿爾伯特.愛因斯坦在萊頓大學執教長達26年之久。愛因斯坦論玻色子的統計分布（即後來的玻色-愛因斯坦凝聚）的手稿於2005年在萊頓大學圖書館裏被發現。