早在1898年，莆田二中的前身普魯斯特等美國校長就引進了西方體育。此後，哲學中學將體育列為常規課程，開設了籃球排球、田徑、體操等項目。在1908期間，曾校長還兼任體育老師，親自教授田徑知識和技術，並決定每學期舉辦壹次校運動會，要求每個學生參加兩項賽事。當時，這些運動活潑新穎，成為師生們課余最喜愛的活動。體育很快在學校形成群體活動，從中湧現出壹批頂尖的體育項目。到上世紀二三十年代，哲學中學率先在莆田湧現出體育明星。1921暑假，程天思等4名同學被縣裏選拔參加省聯運會，分別獲得跳高第壹名和第二名。1925年，吳德懋代表中國參加第七屆遠東運動會，奪得五項冠軍，為祖國贏得唯壹壹枚金牌。由於幾任校領導重視體育工作，哲學中學自上世紀30年代以來幾經發展，成為全縣乃至全省的體育強校，在體育競賽中壹直名列前茅。“旋風”排球隊已經成為全省的壹支勁旅。在1934省運會中，哲學系學生林啟仁獲得十項全能冠軍和標槍第壹名，唐獲得標槍第三名。20世紀40年代，魏胡率領的莆田田徑代表團以哲學中學為主力，歷時56天，連戰全勝，轟動全國體壇，成為中國體育史上前所未有的壯舉。1946年夏天，美軍壹支籃球隊路過莆田，壹到就發出“挑戰書”。學校的“旋風”隊驕傲地戰鬥著，贏得了二戰，震驚了美國陸軍。那時候的莆田城空空如也，人心惶惶。哲學中學是莆田體育發展的第壹所，堪稱“田徑之鄉”的發源地。
中華人民共和國成立後，在黨的領導下，莆田二中更加重視體育運動，田徑活動更加普遍，著名專家層出不窮:王國鐘、黃守強、陳文藻三位跳高運動員先後打破舊中國紀錄；陳中原在第壹屆全運會上獲得跳高冠軍。20世紀60年代，李玉峰的自行車比賽多次打破全國紀錄，並在亞洲新興力量運動會上獲得兩次冠軍。作為“文革”後的第壹批田徑運動員，李元璋是國家隊著名的跳遠運動員，多次出訪歐洲、亞洲和非洲，為國爭光。鄧也入選了國家田徑集訓隊。這些都讓莆田二中成為了知名的體校。1973學校搬遷新址後，體育運動重新發展起來，出現了“領導重視，老師關心，社會支持，學生自覺”的生動局面。學生體育鍛煉達標率達93%，被團中央授予“活躍先進中學生活”。被國家體委、教委授予“全國傳統體育項目先進集體”和“霍英東發展體育基金會學校獎”，1985-87年被中國田徑協會授予“國家雄鷹騰飛獎”，1996年被國家體委、國家教委授予“實施國家體育鍛煉標準先進單位”。同時，頂尖運動員輩出，1984年獲得第三屆全國中學生運動會籃球賽區比賽男團第五名和精神文明獎；1986年獲得全國“田徑之鄉”實用田徑分區賽第壹名(總評第二名)，1987年再次奪冠；男籃獲得第三屆全國中學生運動會精神文明獎；1997全國青少年籃球比賽獲得第四名。十幾年來，學校選送學生參加全國比賽，54人獲得前八名，112人成為國家二級以上運動員，其中大師級運動員3人，為高校輸送了271多名合格的體育新生，被省教委、省體委定為“培養高水平運動員”試點學校。1991年9月，國家教委副主任柳斌視察莆田二中時，高興地題詞:“全面發展，學有特長”，肯定了學校體育的光輝歷史，重視提高師生素質，也為“應試教育”向“素質教育”過渡指明了方向。從1988開始，莆田二中學生的及格率壹直保持在93%以上，近三年超過94%。這是貫徹“全面發展，學有專長”的教育目標，提高素質教育的豐碩成果。同時，學校壹直把體育教育放在學生正確的世界觀和人生觀上，下大力氣培養學生的心理素質，如莊嚴的升旗制度；報道奧林匹克運動員的事跡；重大活動中的大型體育競賽；600名培養“團結、競爭”精神的師生參加了藝術周的拔河、乒乓球、負重跑、籃球、排球比賽，五壹、五四以“亞運”、“奧運”為主題的歌唱比賽；環城越野跑千人，石獅巖、東鎮水庫春遊，六壹遊園活動800多人參加，打籃球、打乒乓球、跳木馬。暑期學生幹部夏令營爬山、遊泳比賽，1000多名新生年度壹周軍訓；由400多名女孩組成的藝術團體操接受訓練，為莆田縣首屆藝術節表演。徒步行軍，考察江口僑鄉；與貧困鄉鎮平海東湖中學“手拉手”活動；“愛我二中，美麗校園”簽名活動，建設校園勞動鍛煉等。通過這些豐富多彩、全體學生共同參與的活動，努力提高學生的綜合素質，不斷從體育的角度探索美育的廣度和深度，把他們錘煉和培養成壯美的體魄。身心健康的“四有”新人！2005年被評為貫徹國家《學校體育工作條例》優秀學校。