猜想壹：達·芬奇自畫像說
貝爾實驗室的莉蓮·施瓦茨有壹天突發奇想，在電腦上將《蒙娜麗莎》與達·芬奇的自畫像重疊，發現二者的眼睛、發際線與鼻子等輪廓竟然能夠完全重合。施瓦茨最終得出結論，《蒙娜麗莎》就是達·芬奇的自畫像。至於達·芬奇為什麽要把自己畫成壹個永恒的女性形象，壹種解釋是因為他要用這種方式隱晦地挑戰以基督教為代表的西方男性霸權。蒙娜麗莎是壹個雌雄合體，這是達·芬奇心目中人性最理想的結合方式，男人和女人平等地融合在壹起。
猜想二：達·芬奇母親說
另壹種說法是，《蒙莎麗莎》是達·芬奇為母親畫的肖像，出於某種不為人知的原因，達·芬奇沒有標明這幅畫是為母親所作，和同時代大多數畫不同的是，這幅畫上沒有簽名、沒有日期、沒有被畫者的名字。
猜想三：意大利傳奇女子說
據《泰晤士報》報道，德國藝術史學家澤斯特在研究多年後宣稱，《蒙娜麗莎》的原型其實就是意大利的傳奇女子斯福爾紮。斯福爾紮是米蘭公爵的私生女，在文藝復興時期的意大利極富傳奇色彩，有“悍婦”之稱。1462年，15歲的她嫁給了教皇西克思圖斯四世的侄兒，聘禮是弗利和伊莫拉兩座城市。她的第壹任丈夫、情人與第二任丈夫先後被殺。1500年，斯福爾紮的家族在與博爾吉亞家族的爭鬥中失敗，在城破後被囚禁壹年。被釋放8年後，斯福爾紮去世，享年46歲。
猜想四：妓女說
也有人認為蒙娜麗莎甚至不是良家女子，而是壹名妓女。那不勒斯的卡羅·維斯教授更認為，畫中的蒙娜麗莎是壹名高級妓女，達·芬奇捕捉到了壹名職業誘惑者的微笑。（愛爾）
《蒙娜麗莎》微笑之謎
500年來，人們壹直對《蒙娜麗莎》神秘的微笑莫衷壹是。不同的觀者或在不同的時間去看，感受似乎都不同。有時覺得她笑得舒暢溫柔，有時又顯得嚴肅，有時像是略含哀傷，有時甚至顯出譏嘲和揶揄。在壹幅畫中，光線的變化不能像在雕塑中產生那樣大的差別。但在蒙娜麗莎的臉上，微暗的陰影時隱時現，為她的雙眼與唇部披上了壹層面紗。而人的笑容主要表現在眼角和嘴角上，達·芬奇卻偏把這些部位畫得若隱若現，沒有明確的界線，因此才會有這令人捉摸不定的“神秘的微笑”。
哈佛大學神經科專家利文斯通博士說，蒙娜麗莎的微笑時隱時現，是與人體視覺系統有關，而不是因為畫中人表情神秘莫測。利文斯通博士是視覺神經活動方面的權威，主要研究眼睛與大腦對不同對比和光暗的反應。利文斯通說：“笑容忽隱忽現，是由於觀看者改變了眼睛位置。”她表示，人類的眼睛內有兩個不同部分接收影像。中央部分(即視網膜上的淺窩)負責分辨顏色、細致印記。環繞淺窩的外圍部分則留意黑白、動作和陰影。據利文斯通說，當人們看著壹張臉時，眼睛多數集中註視對方的雙眼。假如人們的中央視覺放在蒙娜麗莎的雙眼，較不準確的外圍視覺便會落在她的嘴巴上。由於外圍視覺並不註重細微之處，無形中突出了顴骨部位的陰影。如此壹來，笑容的弧度便顯得更加大了。不過，當眼睛直視蒙娜麗莎的嘴巴，中央視覺便不會看到陰影。利文斯通說：“如果看著她的嘴巴，便永遠無法捕捉她的笑容。”蒙娜麗莎的笑容若隱若現，源於人們的目光不斷轉移。利文斯通指出，若要臨摹《蒙娜麗莎》，描繪口部時便要望著別處。
1993年，加拿大美術史家蘇珊·吉魯公布了壹項令人震驚的研究成果。她說蒙娜麗莎那傾倒無數觀賞者的口唇，是壹個男子裸露的脊背。這壹論斷既新鮮又荒誕，然而論證是有力的。集畫家、雕刻家、建築師、工程師及科學家等多種才藝於壹身的達·芬奇，可謂是個“怪傑”。他喜歡穿粉紅色外套，在胡須上毫無顧忌地塗上五顏六色，還常稱自己解剖過不下30具死屍。他還是個左撇子，習慣從右到左倒著書寫，別人要借助鏡子才能讀出他寫的東西。因此借助鏡子亦不失為欣賞者讀畫的壹種方法。旋轉90度後從鏡中看蒙娜麗莎抿著的笑唇，恰好是壹個背部線條分明的結實男性脊背以及左臂和肘部的壹角；再說，表現人體美和呼喚人性的覺醒，既是大師的人生哲學，又是他的藝術觀。
確實，在不同角度不同光線下欣賞這幅畫，人們都會得到不同的感受。那微笑時而溫文爾雅，時而安詳嚴肅，時而略帶哀傷，時而又有幾分諷嘲與揶揄，神秘莫測的微笑顯露出人物神秘莫測的心靈活動。
幾百年來，“微笑”的新解層出不窮。諸如微笑不露皓齒是因原型雖典雅美麗卻口齒不齊；原型因愛女夭折，憂郁寡歡，難掩淒楚之態；更有甚者，把蒙娜麗莎從貴婦寶座上推落下來，把原型貶為妓女，故而微笑中帶著譏嘲和揶揄。
美國馬裏蘭州的約瑟夫·鮑考夫斯基博士認為：“蒙娜麗莎壓根就沒笑。她的面部表情很典型地說明她想掩飾自己沒長門牙。”
法國裏昂的腦外科專家讓·雅克·孔代特博士認為蒙娜麗莎剛得過壹場中風，請看，她半個臉的肌肉是松弛的，臉歪著所以才顯得微笑。
英國醫生肯尼思·基友博士相信蒙娜麗莎懷孕了。他的根據是：她的臉上流露出滿意的表情，皮膚鮮嫩，雙手交叉著放在腹部。性學專家推測：蒙娜麗莎剛剛經歷了性高潮，所以才表現出令世人傾倒的微笑。
還有壹種近乎無稽之談的說法：她的表情就像吃了苯氨基亞胺似的，顯得很陶醉，這是吃完巧克力後人體內產生的壹種歡愉激素。這種說法很少有人相信，因為當時還沒有巧克力呢。
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