傅斯年主持的史語所特別重視史料的發掘。為此，傅斯年曾主持購進清代所藏內閣大庫檔案，費資不少，但在整理的過程中傅斯年卻有壹些失望。壹次他在北海靜心齋對李濟說：“沒有什麽重要的發現。”李濟卻問：“什麽叫重要發現？難道說先生希望在這批檔案內找出滿清沒有入關的證據嗎？”傅聽了大笑。
1938年，傅斯年擔任國民參政員，曾兩次上書彈劾行政院長孔祥熙，上層雖不予理睬，但後來還是讓他抓住了孔祥熙貪汙的劣跡，在國民參政大會上炮轟孔祥熙並最終把孔轟下臺。孔的繼任者宋子文也難逃此數。傅斯年壹篇《這個樣子的宋子文非走不可》，朝野震動，宋子文也只好下臺——壹個國民參政員壹下子趕走兩任行政院長，歷史上也是並不多見的。
自北大畢業後，傅斯年考取了官費留學。從1919年至1926年，他先後留學英、德。留學期間，傅斯年壹心撲在學習上。據趙元任夫人楊步偉在《雜憶趙家》中記錄。當時的留學生大都“不務正業”，無所事事就鼓勵大家離婚，但這麽多留學生中，真正全副精力用來讀書、心無旁騖不理會男女的只有陳寅恪和傅斯年，以至於有人把他倆比作“寧國府大門口的壹對石獅子”。在“許多留學生都以求得博士學位為鵠”的世俗風氣中，傅斯年連個碩士學位也沒拿到。但是，沒有人不佩服他的學問淵博。
傅斯年先生疼愛學生是眾所周知的。1950年12月20日傅斯年因腦溢血猝死於臺灣大學講臺，新聞報道曾廣播說“傅斯年先生棄世”，被其學生聽成了“傅斯年先生氣死”。於是臺灣大學學生聚眾要求校方懲辦兇手，直到當時臺灣國民政府官員出面解釋清楚，學生才退去。由此可見傅斯年先生深受學生喜愛。
已逝傅斯年夫人俞大彩的回憶文章記道：“他常在中午返家時，偕我到各宿舍探視，並查看學生的夥食。他壹進餐廳，男生必高呼歡迎校長，女生則擁到他身旁。他去世後，學生們痛哭哀悼，是青年們發乎自然的真情。”
臺灣大學校史館張小姐說：盡管傅校長執掌臺大僅僅700余天，可臺大人始終將他視為“臺大的守護神”，安葬他骨灰的校內植物園被命名為“傅園”。 大概在學者中間，傅斯年的體胖是有名的。壹次羅家倫問他：“妳這個大胖子，怎麽能和人打架？”傅斯年答：“我以質量乘速度，產生壹種偉大的動量，可以壓倒壹切！”這樣的話真是能給肥胖的人壯氣。
不過，關於傅斯年之胖的故事還屬以下這則最為有趣。傅斯年、李濟還有壹位裘善元同在重慶參加壹個宴會。宴會結束，主人特別為他們三個人雇好了滑竿。六個擡滑竿的工人守在門前。第壹個走出來的是裘善元，工人們見他是壹個大胖子，大家都不願意擡，於是互相推讓。第二走出來的是李濟，剩下來的四個工人看比剛才出來的還胖壹些，彼此又是壹番推讓。等到傅斯年最後走出來的時候，剩下的兩個工人壹看，嚇了壹大跳，因為傅斯年比剛才的兩個人都胖得多，於是兩個工人擡起滑竿轉頭就跑，弄得請客的主人甚是尷尬！我想許多人看到這裏都會莞爾壹笑，因為在四川擡滑竿的，實在沒有太壯的人！ 傅斯年生於山東聊城壹個沒落的名門望族。傅斯年的祖先傅以漸是清朝建立後的第壹個狀元，其後，傅氏家族科考得意者不計其數，官至封疆大吏的也不乏其人。因此，山東傅氏有“開代文章第壹家”的稱譽。但是到了傅斯年這壹代，傅氏家學雖然依舊淵源，但已經沒有什麽生活質量可言了。傅斯年在北大期間的生活費用，就是靠別人接濟的。傅斯年的國學功底是非常深厚的，上大學時，雖然只有十幾歲，但儼然壹位“國學小專家”。他的治學功底甚至強過了北大當時的某些教授。據傅斯年好友羅家倫回憶，“在當時的北大，有壹位朱蓬仙教授，也是太炎弟子，可是所教的《文心雕龍》卻非所長，在教室裏不免出了好些錯誤……恰好有壹位姓張的同學借到那部朱教授的講義全稿，交給孟真。孟真壹夜看完，摘出三十幾條錯誤，由全班簽名上書校長蔡先生，請求補救，書中附列這錯誤的三十幾條。蔡先生自己對於這問題是內行，看了自然明白……到了適當的時候，這門功課重新調整了。”
傅斯年本是黃侃的得意弟子，但壹次偶然機緣，傅斯年竟“背叛”師門，成了胡適的學生。胡適剛到北大教授中國哲學史的時候，因為講授方法和內容特別，在學生中引起不小的爭議。有人認為胡適遠不如國學大師陳漢章，想把他趕走；有人則認為，胡適讀的書雖然沒有陳漢章多，講課卻頗有新意。傅斯年本不是哲學系的學生，但在同室顧頡剛的鼓動下去旁聽了幾次胡適的課。結果聽完之後非常滿意，於是傅斯年對哲學系幾位要好的同學說：“這個人書雖然讀得不多，但他走的這條路是對的。妳們不能鬧。”
由於傅斯年在同學中的威信，年輕的胡適在北大講壇站穩了腳跟。後來回憶起這段日子時，胡適感慨地說：“我這個二十幾歲的留學生，在北京大學教書，面對著壹班思想成熟的學生，沒有引起風波；過了十幾年以後才曉得孟真暗地裏做了我的保護人。”
參政而不從政
他在擔任國民參政員時，曾經兩次上書彈劾行政院長孔祥熙，上層雖不予理睬，但後來還是讓他抓住了孔祥熙貪汙的劣跡，在國民參政大會上炮轟孔祥熙。蔣介石為保護孔祥熙，親自出面宴請傅斯年，想為孔祥熙說情。二人有這樣壹段著名的對話。
蔣問：“妳信任我嗎？”傅斯年答：“我絕對信任。”“妳既然信任我，那麽就應該信任我所任用的人。”傅斯年說：“委員長我是信任的，至於說因為信任妳也就該信任妳所任用的人，那麽，砍掉我的腦袋我也不能這樣說。”蔣介石無奈，只得讓孔祥熙下臺。
1945年6月，宋子文繼任行政院長。1947年2月15日，傅斯年在《世紀評論》上發表《這個樣子的宋子文非走不可》壹文，對宋子文的胡作非為進行了猛烈抨擊。朝野震動，宋子文也只好在社會上的壹片反對聲中辭職。 也許是聽膩了阿諛奉承的話，看膩了唯唯諾諾之態，蔣介石對傅斯年這個桀驁不馴之士不但沒有惱怒，反而欣賞有加，壹心把傅斯年拉入政府當官。
早在1946年初，蔣介石就與陳布雷商量，要在北方人士中補充壹個國府委員。陳布雷對蔣介石說，北方不容易找到合適人選，蔣介石提議說：“找傅孟真最相宜。”陳布雷了解傅斯年的誌向與秉性，對蔣介石說：“他怕不幹吧。”蔣介石大概不相信有人不願當官，他很有信心地說：“大家勸他。”
結果，任說客說破了天，傅斯年堅決不肯加入政府。蔣介石死了心，轉而想拉胡適進入政府，希望傅斯年能做做說服工作，結果傅斯年也竭力反對。在給胡適的信中傅斯年說，兩人壹旦加入政府，就沒有了說話的自由，也就失去了說話的分量。“壹入政府，沒人再聽我們壹句話”。他勸胡適要保持名節，其中有壹句話極有分量：“借重先生，全為大糞堆上插壹朵花。”正是這句話，打消了胡適做官的念頭。
對於傅斯年拒不做官的氣節，李敖壹直贊譽有加。在《李敖有話說》中他就說：“有壹個學生領袖傅斯年，終其壹生不肯加入國民黨。他不但不加入國民黨，還鼓勵他的老師胡適要采取跟國民黨並不很合作的態度。這壹點我覺得傅斯年很了不起……他們要發揮這個知識分子的力量，可是又不想被國民黨吃掉，不被國民黨同化……真正的夾縫裏面的自由主義者，不做國民黨也不做***產黨，他沒有社會地位，很苦。”
蔣介石到臺灣後，把傅斯年當作“座上賓”，時常邀請他到總統府吃飯，商議國事。李敖在《李敖有話說》中講了這樣壹個細節：“到臺灣來以後，有壹天，當時的代總統李宗仁到臺灣來，在臺北的松山飛機場要下飛機的時候，蔣介石跑去歡迎李宗仁。在松山機場的會客室裏面，蔣介石坐在沙發上，旁邊坐的就是臺灣大學校長傅斯年。傅斯年怎麽坐的？在沙發上面翹著二郎腿，拿著煙鬥，就這樣叼在嘴裏，跟蔣介石指手畫腳講話。其他的滿朝文武全部站在旁邊，沒有人在蔣介石面前敢坐下。憑這壹點大家就知道傅斯年在臺灣的地位。”
遺憾的是，這位敢說話、辦實事的臺大校長，來臺灣不到壹年，就在參加省參議會第五次會議時突然倒在了議會廳。蔣介石聞訊後，立即派行政院長陳誠前去指揮搶救，動員臺灣所有名醫，不惜任何代價搶救傅斯年。他本人則守候在電話旁，焦急等待陳誠每半小時的匯報。傅斯年因腦溢血去世，享年僅55歲。 1950年12月20日上午，傅斯年出席由蔣夢麟召集的“農復會”壹次會議，討論農業教育改進和保送臺大學生出國深造問題。在這個會上，傅提了不少意見，據在現場的人回憶說，他壹會兒用漢語講話，壹會兒用英語和美國人交談，壹會兒漢英交雜，滔滔不絕地大發宏論。兩個多小時的會議，他講的話比任何人都多。午飯後稍事休息，傅又於下午2時許趕往省議會廳，列席臺灣省參議會第五次會議。這壹天，參議會上所質詢的問題全是有關教育行政方面的事務。下午會議開始後，傅斯年登臺講話，但主要由時任臺灣省教育廳廳長的陳雪屏作答。到了5點40分左右，參議員郭國基突然蹦將起來質詢有關臺大的問題。
這郭國基乃臺灣省屏東人，生於1900年，曾留學日本。此人好勇鬥狠，壹生的理想追求就是造反起事，占山為王，或先把天下搞亂，然後再由他出面來個“天下大治”等。在日本留學時，郭氏就開始率領李鐵拐、張歪嘴、王拴狗等壹幫烏合之眾與流氓無產者，打起“蒼天已死，國基當立”的大旗或明或暗地鬧將起來。抗戰勝利後，他對國民政府派員接收臺灣極不甘心，再度以流氓無產者的姿態和當地碼頭黑老大的形象，糾集蔣渭川、王添燈等壹批流氓惡棍加日治時期豢養的漢奸走狗，與以國民政府接收大員陳儀為代表的臺灣省行政公署長官公開叫起板來，對大陸赴臺軍政官員極盡醜化、汙蔑之能事。未久，郭又鯉魚跳龍門，壹躍成為臺灣省參議會的議員和立法委員。坐上政府大員專用木頭皮椅的郭氏，大有小人得誌的做派，無論在什麽場合，總是難以收斂流氓無產者的本性，胡亂發壹些聰明中伴著糊塗、道理中伴著歪理邪說並散發著燒殺劫掠火藥味甚濃的長篇宏論，氣焰兇妄，舉止輕狂，江湖上人送外號“郭大炮”。
意想不到的是，作為臺大校長的傅斯年竟與這樣壹個流氓惡棍在議會大廳遭遇了。
當時的臺灣大學屬臺灣省政府撥款，故“郭大炮”便以地頭蛇身份，怪叫著向“傅大炮”開起火來。據在場者事後透露，郭的發難主要是國民黨教育部從大陸搶運來臺並存放於臺灣大學的器材如何處理，以及放寬臺大招生尺度等問題。此事看起來簡單，而又十分敏感、復雜、棘手。如臺大之招生，尺度已盡量放寬，招生人數已達最大限度，但各界仍不滿意，特別是郭國基輩糾集部分失意政客，以各種方式和手段向學校施加壓力，惹得傅氏極其惱火憤怒。今日郭氏之質詢，當然需由傅斯年親自答復，於是傅不得不第二次登臺講話。在回答完上述兩個問題之後，郭又提出臺灣大學用的是臺灣人的錢，就應該多聘臺籍教授，多取臺灣土著學生，否則便是與臺籍人民作對雲雲。傅針對郭的無知狂妄，開始予以反擊，在講臺上大談其辦學的原則、規矩、計劃與理想等，並稱臺大考試對臺籍學生已盡量照顧，考慮到臺籍學生的國語水平較差，光復未久，在錄取時專門規定國文科分數比大陸學生降低10分錄取等。講著講著情緒激動起來，傅說道：“獎學金制度，不應廢止，對於那些資質好、肯用功的學生，僅僅因為沒有錢而不能就學的青年，我是萬分同情的，我不能把他們摒棄於校門之外。”最後他高聲說道：“我們辦學，應該先替學生解決困難，使他們有安定的生活環境，然後再要求他們用心勤學。如果我們不先替他們解決困難，不讓他們有求學的安定環境，而只要求他們用功讀書，那是不近人情的……”
講完話時，大約是6時10分，傅斯年滿含怨氣地慢步走下講壇。就在即將回到座位時，他突然臉色蒼白，步履踉蹌，坐在臺下的陳雪屏見狀，趕緊上前攙扶，傅只說了壹句“不好！”便倒在陳雪屏懷中昏厥過去。離得較近的議員劉傳來趕緊跑上前來，把傅斯年扶到列席人員的坐席上，讓其躺下，順便拿陳雪屏的皮包做了枕頭。從此傅進入昏迷狀態，再也沒有醒來。