從李樹芬22日淩晨溺水身亡起，壹些“小道消息”就在甕安縣城內傳播：最初說王某是縣委書記王勤的侄女，因為中考時李樹芬不把試卷給王某抄，王某找了兩個社會青年來報復；之後又說兇犯被公安機關放走，是因為其中某人是縣裏某個副縣長的兒子，李樹芬叔叔被打，也是這些人叫黑社會的人打的；最後出現了李樹芬屍體被打撈上來時壹絲不掛等等說法。 這些傳言中，有的是事實，如李樹芬在班上平時學習成績確實比較好，王某則較差；李樹芬死亡後，其叔叔在大街曾被不明身份的人毆打，也確有其事。但王某是王勤侄女、給李樹芬要試卷抄、李樹芬被打撈上來時壹絲不掛等，則完全不符合事實。 這些事實與謠言混雜，激起了不少群眾對死者的同情。此時，公安局再次給死者家屬下發了《催辦通知書》。
2008年6月28日下午，大堰橋頭的圍觀群眾買了壹塊白布，現場簽名寫字制作成橫幅，讓兩個學生在前面舉著，從西門河邊上出發，到縣政府請願。 據當時去河邊看熱鬧，後來舉著橫幅參加了遊行的甕安三中初壹年級學生張少華（化名）說，遊行開始時，現場學生只有十多人。 壹路上，人越來越多，遊行隊伍從甕安縣城西門河邊出發，經環城路文峰大道到甕安三中門口，再前往縣政府。 七星村是甕安縣城邊上水庫移民居住比較集中的村，遊行隊伍出發時，部分移民跟在後面看熱鬧。 從當時在場的人了解到，遊行隊伍壹路上邊走邊有人加入，在經過李樹芬生前所在的甕安三中時，加入學生較多，隊伍規模已在200人以上。 另外，遊行的消息傳開後，甕安縣城此前在政府征地、城市拆遷等行為中利益受損的壹些失地農民和市民等，也紛紛跟在後面壹起往縣政府走。 最終遊行隊伍抵達縣政府時，已達上千人的規模。
當天是星期六，縣政府沒人上班，請願者在縣政府門前表達訴求後，又轉到距縣政府100米左右的公安局大樓。 到16時30分左右縣公安局民警與請願者發生沖突時，圍觀人群已有上萬人。
據當時在場的群眾講，2008年6月28日，這件事在縣城裏已是無人不知，無人不曉，聽說有人喊冤，不少人都以為是死者家屬真把李樹芬屍體擡到公安局來了，聚集到公安局門前圍觀，其中絕大多數人還是想去看熱鬧。
當天下午14時50分，事件發生前，肖松、縣委書記王勤、縣政府辦主任宋輝等人正在縣電信局參加“全國處理信訪突出問題”電視電話會議。
16時許，遊行隊伍從李樹芬死亡的大堰橋出發。收到消息的玉華鄉政法委書記李安平、派出所所長陳甚學立即向肖松、周國祥等人報告了這壹情況。
16時30分左右，周國祥分別向肖松、羅來平、申貴榮作了匯報，肖松接到報告後，立即向會場內的王勤作了匯報，並按王勤安排趕赴現場，王勤繼續參加會議。
期間，宋輝接到縣政府值班人員電話後，離開會場趕到縣政府大樓勸說學生離開，並於16時40分左右電話報告了縣長王海平。
肖松率黃亞平等人驅車趕到縣公安局後，向王勤匯報現場小青年比較多，王勤立即打電話給縣教育局局長張世德，要求其通知各校校長帶教師到現場去勸散學生。接到指示的張世德立即通知城區各校校長安排老師到現場疏散學生。但此時聚集圍觀的人越來越多，警戒線已開始受到沖擊，並有人沖進壹樓開始打砸。此時，肖松將情況向王勤匯報，同時上樓召開會議，研究對策。
17時50分左右，結束了電視電話會議的王勤再次接到肖松報告後，安排工作人員通知縣四家班子領導到電信局集中商量對策。
18時20分左右，縣長王海平從都勻趕到甕安縣電信局臨時指揮部。羅來平也從都勻趕到甕安，並組織外圍民警到縣武警中隊集中，由於沒有防暴裝備，無法開展工作，後接到州公安局負責人指示，要求由州裏統壹指揮。申貴榮趕回甕安後，要求公安幹警全部穿警服，並讓35歲以下幹警穿上防暴服後，由州統壹指揮。
18時30分左右，電信局工作人員擔心遭受圍攻，臨時指揮部轉移到離現場更遠的縣武裝部。
19時許，黔南州公安局負責人趕到現場，在外圍轉了壹圈，未采取措施。
20時許，“等不來壹個領導說話”的人群向縣政府轉移。 與此同時，黔南州委組織召開了處置甕安事件專題會議。會後，原州委壹位負責人趕往甕安縣城，在外圍“轉了又轉”，等候從省裏趕來的領導。
23時左右，與縣政府大樓相鄰的縣委大樓被點燃，並因是木結構，最後全被燒毀。
據當晚壹直在縣政府大樓上堅守的甕安縣副縣長鄭毅說，晚上20時10分左右，甕安縣政府才開始被打、砸、搶、燒，但當時實際沖入縣政府樓內的真正暴徒只有十多人，並且已基本沒有學生。當時集結待命的公安和武警已有200多名，如果處置得當，至少縣委大樓是完全可以不被燒毀的。 有關部門統計，甕安事件中，直接參與打砸燒的人員超過300人，現場圍觀群眾在2萬人以上，事件持續時間7個小時以上。
這壹事件中，甕安縣縣委、縣政府、縣公安局、縣民政局、縣財政局等被燒毀辦公室160多間，被燒毀警車等交通工具42輛，不同程度受傷150余人，造成直接經濟損失1600多萬元。
受訪的有關專家認為，無論從事件參與人數、持續時間、沖突劇烈程度、在國內國際上造成的影響上看，甕安事件在我國發生的群體性事件中，堪稱“標本性事件”。
2008年6月29日淩晨，數千群眾繼續到縣政府、縣公安局門前圍觀，甚至用石塊等攻擊部分值勤的公安幹警、武警官兵。 當天下午事件基本平息後，甕安縣委有關負責人在與黔南州有關部門聯合舉行的新聞發布會上，稱這壹事件是“有組織、有預謀”的，事件起因是死者家屬對公安部門的鑒定結果不服，組織了壹些人員拉著橫幅在街上遊行，圍觀人員跟隨聚集到縣政府上訪。在縣政府有關負責人接待過程中，壹些人煽動不明真相的群眾沖擊縣公安局、縣政府和縣委大樓，隨後，少數不法分子趁機打砸搶燒。
貴州當地媒體壹位資深記者說，當地政府在尚未展開充分調查的情況下，就作出這壹結論，稍顯匆忙。有關部門依照慣性思維急於尋找幕後“黑手”的做法，也很難令人信服。隨後，當地媒體即開始大規模地刊登和播放“甕安群眾憤怒譴責不法分子”等新聞，引起了更多群眾的反感和猜疑，引發了廣泛的爭論。