001 雲霄飛車殺人事件 (琴酒、伏特加出場，大幕拉開)
002 董事長千金誘拐事件
054 電玩公司殺人事件 (龍舌蘭出現，被炸死)
128 黑暗組織10億搶劫事件 （明美死亡，黑暗組織浮出水面）
129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件 (灰原出場，進入主線劇情）
176 與黑暗組織的再會（灰原篇）
177 與黑暗組織的再會（柯南篇）
178 與黑暗組織的再會（解決篇） （皮斯克出場，被GIN滅口，苦艾酒出場）
226 格鬥遊戲的陷阱（上集） （茱蒂出場）
227 格鬥遊戲的陷阱（下集）
230 詭密的乘客（上集） （赤井秀壹出場，形勢復雜）
231 詭密的乘客（下集）
258 來自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯出場）
259 來自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪的遺物 （上集） （小五郎的卷宗被盜，目標直指柯南）
270 犯罪的遺物 （下集）
271 急忙掩飾的忽略（上集） （灰原被懷疑，形勢危急）
272 急忙掩飾的忽略（下集）
277 英語教師VS西部名偵探（上集）
278 英語教師VS西部名偵探（下集）
286 工藤新壹紐約事件（事件篇）
287 工藤新壹紐約事件（推理篇）
288 工藤新壹紐約事件（解決篇）
307 無聲的證據（前篇） （再次抓住黑暗組織的尾巴）
308 無聲的證據（後篇）
309 與黑暗組織的接觸（交涉篇）
310 與黑暗組織的接觸（追蹤篇）
311 與黑暗組織的接觸（決死篇）
335 東京現影所的秘密（前篇） （灰原被跟蹤，山雨欲來）
336 東京現影所的秘密（前篇）
338 四輛保時捷（前篇）
339 四輛保時捷（後篇）
340 廁所裏隱藏的秘密（前篇）
341 廁所裏隱藏的秘密（後篇）
345 直面黑色組織的對決!滿月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光，卡爾瓦多斯出場，被赤井打斷腿後自殺，第壹次對決暫告段落）
346 尋找P股上的印記（前篇）
347 尋找P股上的印記（後篇）
361 帝丹高中的學校怪談（前篇）
362 帝丹高中的學校怪談（後篇）
385 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音(間奏曲)
387 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音(尾奏曲) (boss的手機號被發現，鬥爭新動向）
425 被組織的魔掌觸碰的瞬間 （水無憐奈、基安蒂、科恩出場，烽煙再起）
429 無法回到從前的兩人(前篇) （本堂瑛佑出場）
430 無法回到從前的兩人(後篇)
462 黑暗組織的影子 年幼的目擊者 （本堂瑛佑行事詭異，引起柯南註意）
463 黑暗組織的影子 奇妙的照明
464 黑暗組織的影子 謎樣的高額報酬
465 黑暗組織的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（後篇）
491 紅與黑的碰撞 開始 （最精彩的壹個系列，不可不看）
492 紅與黑的碰撞 血緣
493 紅與黑的碰撞 絕叫
494 紅與黑的碰撞 冥土
495 紅與黑的碰撞 昏睡
496 紅與黑的碰撞 侵入
497 紅與黑的碰撞 覺醒
498 紅與黑的碰撞 攪亂
499 紅與黑的碰撞 偽裝
500 紅與黑的碰撞 遺言
501 紅與黑的碰撞 嫌疑
502 紅與黑的碰撞 潔白
503 紅與黑的碰撞 決死
504 紅與黑的碰撞 殉職 （第二次對決，赤井秀壹疑似犧牲，水無身份曝光）
509 紅白黃色與偵探團（沖矢昴出場，新壹輪對決即將開始）
510 柯南VS W暗號之謎
511 推理對決！新壹VS沖矢昴