復旦附中的成立與復旦大學有很多淵源。1905年，耶穌會派法國傳教士南擔任總教習，企圖奪取馬創辦的教會學校震旦學院的管理權，並在教學中突出法語，改變辦學方針和法規，引起中國留學生不滿。除兩名學生外，130名學生簽名退學，支持原監獄馬辦新學校，公開宣傳葉忠禹、葉忠禹。6月29日(光緒三十壹年五月二十七日)，《泰晤士報》刊登廣告，宣布解散震旦書院，更名為復旦書院。邀請嚴復、張謇、熊希齡等28人擔任校董，集資創辦學校。不久，兩江總督周福撥銀1000兩，將吳淞知府衙門作為臨時校舍。當年中秋節(13年9月)，復旦學院正式開學。是為原復旦大學準備的。
1949年，國民黨在內戰中戰敗，遷至臺灣。遷臺初期，由於仍有反攻大陸的意圖，除了在政府之前遷入臺灣省的軍事院校外，其他院校均被禁止以“復學”的名義在臺灣重開招生。直到1954“反攻大陸”遙遙無期，臺灣省社會仍然人才緊缺，中國大陸原有的學校陸續開學，才在臺灣恢復。復旦大學的臺灣同學會也有意復學，但礙於財力和政策，只能恢復中學部。1957年，在八大墓園取得約三年半的土地作為學校基礎，次年組織復旦中學董事會，由余友仁先生任名譽董事長，吳南軒、程任名譽董事，溫崇信、林繼勇、余敬堂、、徐紹迪、趙菊玉、程滄波、王勇、陳寶泰、徐茂之。