裸子植物藥用資源近80％的種屬於針葉樹種，其中最重要的是松科。中國有松科植物10屬、113種、29變種，藥用種數占40％。松屬是個較大的屬，含20種藥用植物，主要有油松、馬尾松、紅松、白皮松和雲南松等。本科其他屬的主要藥用種有冷杉、臭冷杉、油杉、落葉松、白扡、鐵杉，以及中國特有的金錢松（土荊皮）和水松等。
柏科中中國有8屬、29種、7變種，其中藥用資源以圓柏屬居多，***有10種，1變種，主要有圓柏、叉子圓柏和興安圓柏，以及柏木、朝鮮崖柏、刺柏等。柏科的常用藥材為側柏和松花粉等。
三尖杉科中許多種都含抗癌活性物質，近年來頗受關註。中國有三尖杉科植物：屬10種，均可藥用，主要有三尖杉、中國粗榧、海南粗榧和臺灣粗榧等。
紅豆杉科中常用藥材種為榧（榧子），其他可供藥用的有東北紅豆杉。南方紅豆杉（血榧）、雲南紅豆杉和穗花杉等。杉科和羅漢松科中的藥用種較少，主要有羅漢松、百日青、杉木、柳杉及中國珍貴的子遺植物水杉等。
裸子植物的4個非針葉類型的科中，麻黃科的藥用種最多，***有11種、3變種、1變型。其中，草麻黃、中麻黃和木賊麻黃為藥典收載種，屬於地方習用品的有麗江麻黃、山嶺麻、單子麻黃、雙穗麻黃和藏麻