三妃宮創建於宋代，宋黃巖孫纂的《仙奚谷誌》就有關於三妃生平事跡、褒封及建廟緣由的記載，以後各代均有不同程度修葺。宮中碑刻記載：“雍正乙卯年重修，又歷七十余載矣，茲嘉慶十年四月朔日動工，戊辰年十壹月竣工”等，上下廳的屋梁上也留有“大清嘉慶年重修”的清晰字跡。中華人民***和國成立前，三妃宮還是革命誌士點然革命烈火的秘密聯絡點。中華人民***和國成立後，三妃宮曾壹度被改作他用，1978年的改革開放後得到恢復。1992年12月，該宮被仙遊縣人民政府列為縣級文物保護單位。近幾年，在宮董事會的宣傳發動下，各方人士紛紛參與，特別是臺胞鄭世銘、吳金佑等的資助，使三妃宮重煥光彩。
三妃宮占地面積1500平方米，建築面積600平方米，保持清代建築風格。從雄偉壯麗的碑樓式的大儀門進去，是壹個寬闊的二層大宮埕，宮埕左邊是壹字排列的平屋，屋前有壹棵枝葉繁茂的大榕樹；右邊是壹個長滿蓮花的池塘，池岸上種植柳、椿等樹木及花草。下埕與上埕交接處雄屹著兩尊2米多高的大石獅，猶如2個威武雄壯的衛士守護在那裏。石獅兩側，樹立1對玉蘭花形的路燈，使三妃宮在夜間也光明透亮。上埕為四方形，比下埕高出壹個臺階，埕的兩邊及大門前擺滿各色各樣的花木，顯得絢麗多姿。
登上5個臺階便來到三妃宮的大門壇上。大門壇前有1對巨大的盤龍石柱，巨龍昂首擺尾，張牙舞爪，仿佛是騰雲駕霧，淩空而去。大門上方懸掛1塊“三妃宮”匾額，紅底黑字，九龍五鳳環邊，正漆貼金，頗為精美。
三妃宮主殿面寬5間，進深2座；中設壹大兩小的天井。大天井長4米、寬2.8米, 小天井長2.8米,寬1.5米；左右為護厝房，護厝各設1門；大門壇壹字列3個大門，壹個正門兩個偏門，門簪、抱鼓石，均加雕飾。
進入下廳。有設1對大柱，上書壹聯：“天上聖母歷朝古褒封，海峽女神中華新稱號”；下廳廂房前壁壹聯是：“海峽女神靈昭百代，閩山英秀典祀千秋”，為今人余啟鏘撰，陳萬泉書；廂房的偏角聯是：“孝義可嘉剛而烈普佗證果顯聖，德配天地悠且久湄洲流澤齊馨”；過水廊廡處又立1對直徑約30厘米大柱。
三妃宮上廳設過路亭，兩邊亦立柱1對；上廳立柱3對，粗大結實；穿鬥擡梁式屋架，雀替、桁梁均加人物、飛禽走獸等雕刻裝飾，正漆貼金，金碧輝煌；屋面為懸山式屋頂，屋脊泥雕雙龍戲珠亭，雙龍騰躍欲飛。
三妃宮大廳後的神龕為精美的木雕，正漆貼金，金光閃閃。
神龕正中，所祀三妃分別是：天妃媽祖、聖泉媽（許吳氏）及陳仙姑。據宋黃巖孫《仙溪誌?6?1祠廟》載：“三妃廟。在縣東北二百步。壹是順濟廟，本湄洲林氏女，為巫，能知人禍福，歿而入祠之，航海者有禱必應。宣和間賜廟額累封靈惠顯衛助順英烈妃，宋封嘉應慈濟協正善慶妃。沿海郡縣皆立祠焉。壹昭惠廟，本興化縣有女巫，自尤溪來，善禁咒術，歿為立祠。淳祐七年賜廟額，紹興二年封順應夫人。壹是慈感廟，即縣西廟神也。三神靈跡各異，惟此邑合而祠之，有巫自言神降，欲合三廟為壹，邑人信之，多捐金樂施，殿宇之盛，為諸廟冠，俗名三宮。”
盡管人世滄桑，歲月流逝，三妃宮在代代民眾的精心呵護下，殿宇依然巍峨屹立，文物古跡有主殿、前殿、放生池及清代建的2個山門等，還有4尊明代跟隨媽祖宮母娘的木雕金身，2件三妃穿的精美龍袍，1頂精致百龍銅冠，及《三宮小記》《三宮規簿》等。宮內還存有許多革命老前輩的字畫，其中有蔡園書的“蘭水泱泱”，黃明書的“莫忘歷史”，許彧青書的“雄風浩蕩”，蘇華書的“繼承先烈遺誌，發揚革命傳統”等。