文學院
理學院
馬克思主義學院（南通廉政研究中心、江蘇省中國特色社會主義理論體系研究中心南通大學基地掛靠）
經濟與管理學院（與江蘇長江經濟帶研究院合署）
教育科學學院
教師教育學院（教師教育管理處合署）
外國語學院
化學化工學院
生命科學學院（海洋學院）
機械工程學院
信息科學技術學院（阿裏雲大數據學院、計算機科學與技術學院）（專用集成電路設計重點實驗室掛靠）
電氣工程學院
紡織服裝學院
醫學院（護理學院）（臨床技能訓練中心掛靠）
公***衛生學院
體育科學學院
藝術學院（建築學院）
地理科學學院
交通與土木工程學院（交通學院）（交通運輸工程研究院掛靠）
藥學院
國際教育學院
張謇學院
通科微電子學院
神經再生重點實驗室（與神經科學系、神經再生協同創新中心合署）
特種醫學研究院（與航海醫學系、航海醫學研究所、疼痛醫學研究院合署）
智能信息技術研究中心