美國海軍陸戰隊武裝偵察部隊乘坐鸚鵡螺號核潛艇前往紐約救援可能掌握對抗異形關鍵信息的前Crynet公司雇員內森·古德博士，但Ceph擊沈了潛艇，三角洲部隊的少校勞倫斯·巴恩斯（先知）救起了壹位士兵阿卡特茲，因其自身感染異形的“曼哈頓病毒”，所以先知被迫脫下納米戰鬥服給阿卡特茲穿上，隨即開槍自殺。
阿卡特茲要完成先知的使命，拯救人類。因先知感染了曼哈頓病毒，所以CELL指揮官多米尼克·洛克哈特下令抓捕先知。古德博士也與先知取得聯系，他們都把阿卡特茲當作了先知。阿卡特茲與古德碰面後，古德了解了先知的事情，告訴阿卡特茲納米服可把異形的組織同化為自身所用，這是也解決異形入侵的關鍵所在。
這時，CELL發現了他們，於是他們逃到華爾街的Crynet基地，古德對阿卡特茲進行掃描，發現他全身都是致命傷，納米服在維持他的生命。在掃描時，CELL士兵及指揮官洛克哈特和塔拉·斯特裏克蘭中尉闖入，將兩人帶走。CELL將兩人送入飛行器時，遭到Ceph的襲擊。納米服在孢子武器攻擊下失效，但被Crynet高管雅各布·哈格裏夫遠程重啟。正是這位百歲老人吸收異形科技發明了納米戰鬥服。
美國國防部計劃摧毀城市的防洪大壩，消滅曼哈頓下層的Ceph。阿卡特茲被大水沖走，隨後碰到在核潛艇襲擊事件中幸存的戰友奇諾。海軍陸戰隊在他的幫助下掩護平民前往中央車站，撤離曼哈頓。哈格裏夫聯系到阿卡特茲，指出戰鬥服正在重寫代碼以便產生能與Ceph科技交流的接口，要求阿卡特茲和海軍陸戰隊前往“哈格裏夫-羅許”公司。
到達後大樓被Ceph襲擊，建築物被水淹沒，阿卡特茲沒能進入實驗室。在中央車站，阿卡特茲與古德重逢，但古德的離奇逃脫，也讓海軍陸戰隊的巴克利上校對他產生懷疑，並猜測是斯特裏克蘭中尉故意釋放了古德。經過激烈的戰鬥，他們成功讓大部分平民撤離。中央車站倒塌後，阿卡特茲和沒能撤離的海軍陸戰隊員前往時代廣場。在時代廣場，納米戰鬥服和Ceph科技進行融合，使附近的異形全部自毀，拯救了人類。
之後， 哈格裏夫讓阿卡特茲前往羅斯福島，並且滲透到壹個叫做“棱鏡”的建築。在島上阿卡特茲殺死了領導CELL的洛克哈特。但當阿卡特茲到達棱鏡時，卻被哈格裏夫抓住，原來哈格裏夫想獨自穿上納米服拯救人類。納米服由於和阿卡特茲深度融合，無法從阿卡特茲身上分離。在強制剝離過程中，阿卡特茲被塔拉救起，她透露自己的真實身份是CIA特工，正是她讓偵察部隊前往紐約。
阿卡特茲於是開始尋找哈格裏夫，在哈格裏夫的辦公室，通過壹個巨大的屏幕，哈格裏夫告訴阿卡特茲，正是他最先在通古斯發現了Ceph。他把自己冷凍了壹個世紀，期間僅通過計算機讓自己的神經與外界聯系。
哈格裏夫最終發現自己無法抵抗Ceph，於是把能夠完善納米戰鬥服的升級針劑交給了阿卡特茲。隨後，Ceph進攻羅斯福島，哈格裏夫觸發定時炸彈，讓整個建築自毀。他還說服CELL不要再與阿卡特茲為敵。阿卡特茲逃到皇後大橋時墜入水中。在曼哈頓的岸邊，阿卡特茲與塔拉中尉、古德博士、戰友奇諾重逢。
巴克利上校通知阿卡特茲，美國戰略司令部決定向曼哈頓島投擲核彈以徹底根除Ceph，而不顧核彈可能造成的危害。阿卡特茲和隊員前往異形中心時，壹座尖塔拔地而起，使地面上的中央公園懸浮在空中。在海軍陸戰隊的支持下，阿卡特茲登上了中央公園，完善後的納米戰鬥服，使孢子對異形產生劇毒，從而殺死了紐約所有的異形。
幾天後，城市開始逐漸恢復。跳入尖塔的阿卡特茲在昏迷狀態下與納米服裏的先知進行精神交流，先知說，盡管紐約之戰勝利了，但是戰爭遠未結束。因為史前物種Ceph不僅在靈山和紐約建立了地下基地，世界各地還有許多基地。
納米服重啟後先知的記憶被整合到阿卡特茲的大腦中。阿卡特茲在中央公園蘇醒後，收到了卡爾·恩斯特·羅許的訊號，並詢問他的名字。阿卡特茲爬出廢墟，第壹次說出了遊戲開頭先知說過的話：“他們叫我先知 。”故事結束。
擴展資料：
人物介紹——
1、阿卡特茲Alcatraz
遊戲主角，USMC服役，所在小隊在將古德教授和“先知”從紐約營救出來的任務中幾乎全軍覆沒。在被“先知”救出後，感染嚴重的“先知”將自己的Nanosuit2.0交給了他，由他接替“先知”的任務。而他成為Nanosuit2.0主要擁有者，完成了常人無法完成的任務，做事幹凈利落，由於身體受到嚴重的創傷，
他只能靠Nanosuit生存，後來雅各布幫他完善了Nanosuit，成為了對抗CEPH的活的生物武器。在最後中央公園的戰鬥中，進入了CEPH的病毒孢子擴散器內部，將病毒同化後，利用被修改了的病毒孢子消滅了城內的CEPH，成為了眾所周知的英雄，不過他覺得這不是他壹人的功勞，“先知”也有份，最終才說了“他們叫我···先知”這句話。
2、勞倫斯·巴恩斯少校
阿卡特茲的救命恩人，三角洲特種部隊服役，Nanosuit2.0的主人，玩家心目中意義重大的角色（盡管存活的時間很短），其實孤島危機1裏“先知”就出現了，是諾曼的上司，同時也是哈格瑞夫安插的特工，為他收集CEPH的樣本和資料。返回紐約後他質問哈格瑞夫為什麽隱瞞了病毒的事情，進而認清了哈格瑞夫的嘴臉，而後憤然出走，
將相關資料也提供給古德教授進行Nanosuit的相關研究。原本計劃由USMC將他和古德教授接應出紐約市，沒想到USMC全軍覆沒，盡全力拯救了受重傷阿卡特茲後，“先知”將完成任務的希望寄托於阿卡特茲身上，希望他能繼續完成自己的任務，還把Nanosuit2.0給了他；
為了徹底消除自己與Nanosuit的連接，身受病毒感染的“先知”選擇了開槍自盡，死前還說了"大家都叫我“先知”，要記住我“。其實突變進化了的Nanosuit已經將“先知”的思想融入了自己的計算機，在納米服被進壹步完善的過程中被壹點壹點的激活。