體呈鰻形，分頭、軀體和尾三部分。體長隨種類不同而異，從不足20mm到長達1m左右。頭背中央有壹短管狀的單鼻孔（nostril），因此又稱單鼻類（monorhina），圓口綱特有的松果眼（pineal eye）就位於鼻孔後方的皮下，具有水晶體（lens）和視網膜（retina）。松果眼的腹面還有壹個更小的結構，稱頂體（parietal body）。這2個構造可能是退化了的感光器官。頭側有壹對大眼，無眼瞼（eye lid），盲鰻的眼萎縮，埋在皮下，無晶體。每個眼後有1～16個鰓裂。頭部腹面有杯形的口漏鬥（buccal funnel），是壹種吸盤式的構造，周邊附生著細小的穗狀皮褶，內壁有黃色的角質齒；盲鰻的口不形成口漏鬥。體側和頭部腹面有感覺小窩，小窩排列成行，也稱側線（lateralline）。無成對偶肢，背中線上有1～2個背鰭，尾部側扁，有尾鰭。皮膚柔軟，表面光滑無鱗，但富粘液腺。肛門位於尾的基部，其後為泄殖乳突（urogenital papilla）。