方孝孺是壹個非常忠心且剛正的人，也正是因為這樣他才會因不肯歸順於朱棣而慘遭滅族。建文帝於1398年即位之後，他按照朱元璋所留遺訓將方孝孺召至京中，同時授予方孝孺翰林侍講職位。自這之後，方孝孺便成了建文帝的?左膀右臂?。在處理重大國家政事時，建文帝都會咨詢方孝孺的看法。除此之外，方孝孺還曾受命修撰《太祖實錄》、《類要》等書籍。
總的來說，建文帝對方孝孺是非常器重的，而方孝孺對建文帝同樣非常忠心。也正是因為忠心，他在建文政權隕滅之後始終不肯屈從於朱棣。在1402年的時候，於四年前假借?清君側?之名發起叛亂的朱棣成功攻進南京。因方孝孺的勸說而壹直留守在南京的建文帝在南京被攻陷之後，於宮中引火自焚而亡。也是在這壹天，方孝孺被捕入獄。
因為身為儒學大家的方孝孺在天下學子之中享有非常高的聲望，再加上姚廣孝此前也曾特地囑咐過：?殺孝孺，天下讀書種子絕矣。?是以，朱棣壹開始並不打算將方孝孺處死。不僅如此，他還計劃讓方孝孺負責起草他的即位詔書。抱著這壹目的，朱棣召見了方孝孺。但是方孝孺在得知朱棣的意圖之後卻不肯乖乖就範，他壹邊將筆扔擲到地上，壹邊又哭罵道：?死即死耳，詔不可草。?
朱棣見狀自是大為惱火，於是他當即便下令要將方孝孺車裂於街市。待1402年的7月25日，方孝孺被車裂而死。與此同時，他的家人，甚至學生也都受到了牽連。據《寧海縣誌?方孝孺傳》等古籍的記載，方孝孺被株連了十族，株連坐死的人數多達八百多人。