主要區別是，性質不同、藝術特征不同、作畫方式不同，具體如下：
壹、性質不同
1、水墨畫
水墨畫是由水和墨調配成不同深淺的墨色所畫出的畫，是繪畫的壹種形式，更多時候，水墨畫被視為中國傳統繪畫，也就是國畫的代表。
2、工筆畫
工筆畫，亦稱“細筆畫”，屬於工整細致壹類畫法。
二、藝術特征不同
1、水墨畫
其特征主要有兩個方面，壹是從工具材料上來說，水墨畫具有水乳交融，酣暢淋漓的藝術效果。具體地說就是將水、墨和宣紙的屬性特征很好地體現出來，如水墨相調，出現幹濕濃淡的層次，再有水墨和宣紙相融，產生溵濕滲透的特殊效果。二是水墨畫表現特征，由於水墨和宣紙的交融滲透，善於表現似像非像的物象特征，即意象。
2、工筆畫
以線造型是中國畫技法的特點，也是工筆畫的基礎和骨幹。工筆畫對線的要求是工整、細膩、嚴謹，壹般用中鋒筆較多。以固有色為主，壹般設色艷麗、沈著、明快、高雅，有統壹的色調，具有濃郁的中國民族色彩審美意趣。
三、作畫方式不同
1、水墨畫
水墨畫有多種繪畫方法，最常見的是用畫筆作畫。後期出現用口咬筆，腳趾握筆，雙腳夾筆，腋夾筆，身體著墨(包括手指、腳趾、頭發、手肘等部位)，材料運用廣泛，在宣紙上，在衣服上，在人的身體上等。題材上更是多樣化，不僅限於山水花鳥，除抽象水墨外更擴展到行為藝術範疇。
2、工筆畫
工筆畫壹般先要畫好稿本，壹幅完整的稿本需要反復地修改才能定稿，然後復上有膠礬的宣紙或絹，先用狼毫小筆勾勒，然後隨類敷色，層層渲染，從而取得形神兼備的藝術效果。
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