協會的最高權力機構是會員代表大會，理事會是執行機構，常務理事會是理事會的工作機構，秘書處是協會常設辦事機構。協會理事、常務理事、正副理事長和秘書長均由選舉產生，名譽理事長由理事會聘任。協會現任理事230人，常務理事65人，理事長1人，副理事長13人，秘書長1人（由副理事長兼任），副秘書長5人。
協會下設技術標準研究委員會、計算機應用工作委員會、設計單位改革研究委員會、信用評價工作委員會四個分支機構。同時協會內設科技信息服務部、咨詢培訓部、資質管理部和綜合部四個辦事機構。
領導機構
名譽理事長： 矯勇汪洪晏誌勇
理事長： 劉誌明
副理事長： 彭程周建平宗敦峰金正浩鈕新強 李文學遊贊培馬海晨張和平石小強 馮峻林章建躍李孝振
秘書長： 李孝振
副秘書長： 雷興順趙增海歐陽小偉 熊海華陳 雷 胡玉強 劉海瑞
常務理事：劉誌明彭 程 周建平 宗敦峰李孝振張和平 孫景亮郝榮國 喬裕民 劉長余
沈來新景金星 張金凱金正浩 於鐵柱谷長葉戴春勝宋繼林 夏廣亮 孫連福
石小強萬 隆陸小偉張春生李月明陳敏巖嚴文武程觀富孔俐麗黃新華
浦瑞年何剛強李文學鈕新強 李瑞清 馮樹榮 翟淵軍 馮玉寶 王躍生 路金鑲
遊贊培黃建添胡本雄林國朝陳發科王槐南黃 紅 吳戈堂何力勁馮峻林
章建躍潘繼錄羅 健車 輪 申獻平劉 健王建春凃誌軍馬海晨王誌強
張 劍孫潤民哈岸英蘇曉波達 桑
（排名不分先後）
理事： 劉誌明彭 程周建平宗敦峰李孝振張和平
孫景亮郝榮國喬裕民劉長余沈來新景金星
張金凱尹迅飛李壽田謝 軍孟昭強張永新
趙金良郭文鬥姜青山曲佳瑞劉樹玉丁文金
張 傑王書彬程傳民吳 震張 罡金正浩
於鐵柱谷長葉戴春勝宋繼林夏廣亮孫連福
師學峰張玉清郭 平周林蕻張廣濤李子廣
茹樹青劉興治陳長山李磊光李 穎李 趨
李勝利郭 巖李興春崔廣臣張善誌姜 革
李福誌鄭 鐸崔鳳學石小強萬 隆陸小偉
張春生李月明陳敏巖嚴文武程觀富孔俐麗
黃新華浦瑞年何剛強耿漢文徐惠民李平夫
吳昌新黃 波金初陽陸 偉龔誌明張 松
尉高洋張 邁黃建平孫伯永韓校生石向榮
俞先偉周國華冉凡榮沈登平曹傳勝劉鼎華
塗 明楊修祖謝冠峰何 軍李文學鈕新強
李瑞清馮樹榮翟淵軍馮玉寶王躍生路金鑲
朱素華鐘彥祥李運濤王保民趙健倉王家會
馬向軍王聚祥耿傳宇曹載宏肖相純羅海林
周玉華靖澤文王懷清徐經超黃開廣李泰來
遊贊培黃建添胡本雄林國朝陳發科王槐南
黃 紅吳戈堂何力勁葉清平曾春生何民輝
陳煥新黃先廉苗昌智余海瀚謝建麟伍尚鎰
賴翼峰徐良輝王漢夫莊木和胡鐵華陳國濤
張 軍劉灼華覃錫武王紹旭丘柳忠熊良兵
吳永革龔國平馮峻林章建躍潘繼錄羅 健
車 輪申獻平劉 健王建春凃誌軍賀鵬程
吳星奎胡明亮劉元月譚大書高祖純黃鳳崗
王永成李芝洪任永邦龍 麟吳劍明陳 建
歐榮軍鄭國旗李 銳袁文健李小飛馬海晨
王誌強張 劍孫潤民哈岸英蘇曉波達 桑
張育林席 浩張黎明李湘權張潤平李改建
周增堂段生榮李友成楊增雄高雙強孫剛鋒
鄒世平戈淑娟賀光華
（排名不分先後）
協會分支機構：
信用評價工作委員會
名譽主任委員 趙立敏河北省水務集團
主任委員 喬裕民河北省水利水電第二勘測設計研究院
副主任委員 張成中國水電顧問集團昆明勘測設計研究院
生曉高長江水利委員會勘測設計研究院
蔣翼中水珠江規劃勘測設計有限公司
馬述江河北省水利水電第二勘測設計研究院
秘書長 尹迅飛江河水利水電咨詢中心
副秘書長 馬躍生黃河勘測規劃設計有限公司
王先華上海勘測設計研究院
徐平湖北省水利水電規劃勘測設計院
計炳生中國水利水電勘測設計協會
委員 紀誌軍遼寧省水利水電勘測設計研究院
劉思華廣東省水利電力勘測設計研究院
劉建明河北省水利水電勘測設計研究院
許建英廣西電力工業勘察設計研究院
祖建新新疆水利水電勘測設計研究院
李珂山東省水利勘測設計院
魏家紅河南省水利勘測設計研究有限公司
秘書處主任 賈永芳河北省水利水電第二勘測設計研究院
設計單位改革研究委員會
名譽主任委員 蔡紹寬中國三峽建設總公司
主任委員 翟淵軍河南省水利勘測設計有限公司
副主任委員 祝立群昆明勘測設計研究院
淩耀忠中水珠江規劃勘測設計有限公司
於鐵柱內蒙古水利水電勘測設計院
陸小偉江蘇省水利勘測設計研究院有限公司
陶永慶中國電力建設集團有限公司
秘書長 安郁群中國水利水電勘測設計協會
副秘書長 馬勇河南省水利勘測設計有限公司
李江鷹長江委長江勘測規劃設計研究院
委員 趙春鎖河北省水利水電勘測設計研究院
王寶成黃河勘測規劃設計有限公司
劉曉明深圳市水務規劃設計院
施炳利河北省第二水利水電勘測設計研究院
李鵬新疆水利水電勘測設計研究院
張誌闊山東省水利勘測設計院
嚴文武寧波市水利水電規劃設計研究院
何民輝廣東江門市水利水電勘測設計院有限公司
計算機應用工作委員會
主任委員 章敏中水淮河規劃設計研究有限公司
副主任委員 何定恩水利部水利水電規劃設計總院
易躍春水電水利規劃設計總院
王金鋒中國水電顧問集團華東勘測設計研究院
宗誌堅黃河勘測規劃設計有限公司
秘書長 劉輝水利部水利水電規劃設計總院
副秘書長 江瑞勇中水淮河規劃設計研究有限公司
楊立水電水利規劃設計總院
陶付領黃河勘測規劃設計有限公司
李虎中國水電顧問集團華東勘測設計研究院
委員 王曉文中國水電顧問集團昆明勘測設計研究院
張德文長江勘測規劃設計研究院
高政毅中水珠江規劃勘測設計有限公司
吳曉梅上海勘測設計研究院
李彪陜西省水利水電勘測設計研究院
陳堅廣西電力工業勘察設計研究院
高博河北省水利水電勘測設計研究院
李浩然新疆水利水電勘測設計研究院
張李蓀江西省水利規劃設計院
周應龍貴州省水利水電勘測設計研究院
李健民浙江省水利水電勘測設計院
李汀雄福建省水利水電勘測設計研究院
技術標準研究工作委員會
名譽主任委員 李誌謙中國電力建設集團有限公司
主任委員 朱黨生水利部水利水電規劃設計總院
副主任委員 李仕勝水電水利規劃設計總院
溫續余水利部水利水電規劃設計總院
黃曉輝中國水電工程顧問集團公司
楊啟貴長江勘測規劃設計研究院
張宗亮中國水電顧問集團昆明勘測設計研究院
蘇加林中水東北勘測設計有限責任公司
王仁坤中國水電顧問集團成都勘測設計研究院
唐濤中水淮河規劃設計研究有限公司
秘書長 雷興順水利部水利水電規劃設計總院
副秘書長 杜剛水電水利規劃設計總院
樊路琦長江勘測規劃設計研究院
陳萬濤中國水電顧問集團成都勘測設計研究院
裴惠年中國水電顧問集團北京勘測設計研究院
委員 王慶明黃河勘測規劃設計有限公司
邵月順中水北方勘測設計有限責任公司
段元勝中水東北勘測設計有限責任公司
謝江松中水珠江規劃勘測設計有限公司
郭潔中國水電顧問集團北京勘測設計研究院
周才全中國水電顧問集團華東勘測設計研究院
吳文平中國水電顧問集團中南勘測設計研究院
李月傑中國水電顧問集團貴陽勘測設計研究院
楊建敏中國水電顧問集團昆明勘測設計研究院
熊登峪中國水電顧問集團西北勘測設計研究院
別大鵬湖北省水利水電勘測設計院
付長峰河北省水利水電勘測設計研究院
郭紹艾河北省水利水電第二勘測設計研究院
穆漢平新疆水利水電勘測設計研究院
潘贊文廣西電力工業勘察設計研究院
張仁田江蘇省水利勘測設計研究院有限公司
王東黎北京市水利規劃設計研究院
孫衛嶽上海勘測設計研究院
郭雁平深圳市水利規劃設計院
莊崗海南省水利電力勘測設計研究院
內設機構
科技信息服務部
1、負責水利水電勘測設計行業技術標準編制、管理工作；承擔協會負責的技術標準編制工作
2、組織制定行業信息化發展規劃，負責水利水電勘測設計計算機軟件登錄、軟件正版化及計算機技術推廣工作；
3、負責勘測設計行業質量管理工作；
4、負責優秀工程咨詢、優秀工程勘察、優秀工程設計、優秀計算機軟件的評選管理工作；
5、負責開展新技術、新產品、新材料、新工藝、新設備的推廣應用和技術交流工作；
6、協調協會技術標準工作委員會、計算機應用工作委員會有關工作。
咨詢培訓部
1、負責協會承擔的咨詢研究等技術工作；
2、負責行業培訓需求調研，培訓計劃制定，培訓教材、培訓師資和學員管理工作；
3、負責行業法律、法規、標準、規範、定額及技術規定培訓工作；
4、負責註冊土木工程師（水利水電工程）考前輔導培訓和繼續教育培訓的組織和實施；
5、負責註冊咨詢工程師（投資）繼續教育培訓的組織和實施；
6、組織開展各類管理人員、專業技術人員資格培訓、專業知識培訓。
資質管理部
1、配合主管部門加強水利水電勘測設計市場管理，制定行規行約，推動行業自律，促進勘測設計市場健康發展；
2、促進工程咨詢、勘察、設計企業改革。組織改革調研、交流、研討，指導會員單位改革，提出政策建議；
3、負責部屬咨詢、勘察、設計企業資質的日常管理工作；負責工程咨詢、工程設計資質評審工作；
4、負責註冊土木工程師（水利水電工程）執業資格註冊與管理工作；負責註冊咨詢工程師管理工作；
5、負責行規行約制定，行業信用建設工作；
6、協調協會信用評價、設計單位改革工作委員會有關工作。
綜合部
1、負責協會秘書處日常管理，後勤保障，對外聯絡、協調、接待工作；
2、負責會員單位管理、會費收繳工作；
3、負責協會印章管理、文件管理、合同管理工作；
4、負責協會各類會議的籌備與管理工作；
5、負責協會社團登記、收費許可管理及分支機構管理工作；
6、負責《勘測設計改革與信息》雜誌的編輯、印刷、寄發工作，負責行業信息交流工作；
7、負責中國工程咨詢協會水利專業委員和註冊土木工程師（水利水電工程）專業管理委員會辦公室工作；
8、負責協會對外交流工作。 （壹）貫徹落實黨和政府的方針、政策；調研行業發展情況，收集會員單位的意見、要求，積極向政府和有關各方反映，提出建議，維護會員合法權益，促進行業發展；
（二）組織調研和交流水利水電勘測設計咨詢行業的體制機制改革、經營管理、財務管理、質量管理、科技進步、標準建設、文化建設以及人力資源管理等方面的問題和經驗，促進行業發展；
（三）經政府有關部門授權或委托開展以下工作：
1、開展勘察設計咨詢資質評審、執業資格管理等工作，配合主管部門完善水利水電勘測設計咨詢市場管理；
2、開展水利水電勘測設計技術標準研究，組織或參與技術標準編制工作，並監督執行，加強行業技術標準建設；
3、開展行業統計、信息發布和行業評優工作；
4、開展行業軟件登錄、推薦、團購工作和科技成果鑒定、技術推廣工作，加強質量管理；
（四）制訂並組織實施行規行約，宣傳職業道德，開展行業信用評價，推動水利水電勘測設計咨詢行業信用建設，建立並完善行業自律和約束機制，規範會員行為，維護公平競爭的市場環境，促進勘測設計咨詢行業健康發展；
（五）組織開展專業技術、業務管理等方面的信息和經驗交流，組織人才、技術、標準和職業培訓，開展技術服務；
（六）依照有關規定建設行業網站，編印內部資料，宣傳黨和國家有關方針政策；
（七）積極開展國際、國內的交流與合作，促進行業的改革和發展；
（八）承擔主管部門及有關單位委托的各項任務。