巴爾喀什湖東鹹西淡的原因是東部的水分蒸發量要大於註入量，這就讓東部的水變成了鹹水，而西部則有著伊犁河的流入，伊犁河註入的水源占到了全湖水量的百分之七十五到百分之八十，對於湖水中的鹽分稀釋是非常顯著的，這也讓西部的水變成了淡水。
巴爾喀什湖是壹個東西狹長的湖泊。從地圖上量算，東西長約600公裏，南北最窄處只有十幾公裏。這就影響湖水水體的交換，東部的鹹水和西部的淡水間無法很好的相互交流。這是巴爾喀什湖水東西兩半部不同的又壹個原因。因此，巴爾喀什湖在世界內陸湖泊中是壹種十分罕見的湖泊。
巴爾喀什湖的地理環境
按照河流分布特征及地形地貌條件，巴爾喀什湖流域中下遊可分為伊犁河中下遊區、準噶爾區、楚伊犁山東部諸小河區、巴爾喀什湖北部諸小河區。
巴爾喀什湖位於哈薩克斯坦東南部，東經73°20'壹79°12'，北緯45°00'壹46°44'之間，薩雷伊希科特勞半島烏澤納拉爾水道把巴爾喀什湖分為東西兩部分，東巴爾喀什湖為鹹水湖，西巴爾喀什湖為淡水湖。?湖面海拔342米，東西長605千米、寬9-74千米。
巴爾喀什湖流域地形東南高而西北低，東部和南部是天山山系的阿拉套山、婆羅科努山、依連哈比爾尕山、哈爾克山、克特綿山、昆格阿拉套山和外伊犁山，西南部是楚伊犁山，西部地形較低，是別特帕克達拉草原，北方則為哈薩克斯坦丘陵，中央是沖洪積、湖沼平原和沙漠，流域最高為汗騰汗格裏峰（海拔6995米），最低處巴爾喀什湖，是諸河尾閭。