據《同安縣誌》記載，唐末廈門名士陳黯，曾隱居於西山，並於文德年間（公元886－888年）倡建“白雲巖寺”，供奉三寶文佛，即釋迦牟尼。此為西山建寺之始。歷四百多年風雨滄桑，白雲巖寺至元末毀於火災。“荒山已絕前遊盛”，寺廢山衰，令人嘆息。
元末泉州遭受十年戰亂。據同安邵氏族譜記載，同安邵氏壹世祖邵亨，字時通，“業儒有聲”，由晉江邵厝攜弟侄遊學於汀、漳、潮、惠，途經同安，登臨西山，深愛其“抱異負奇，獨含元氣”，遂舉家遷居西山東麓的橄欖嶺，即今甘嶺村，耕讀為業，詩禮傳家，漸成同安望族。明洪武年間，同安邵氏二世祖邵恭，字孔誠，體承父親“購西山，復唐寺”的宏願，積累巨資，購下西山巖風景區所在的大部分山林地，將東西四至詳細記載於洪武二十九年（公元1396年）所立遺囑之中，並自號“西山公”。
乾隆年間同安橄欖嶺邵蕤春等二十九戶鄉親從西山“半山宮”奉請“護國尊王”金身與香火，東渡臺灣謀生，定居於三重埔（今臺北三重市），繁衍成族。其後裔於1971年建成三重市護山宮，供奉兩百多年前由同安西山保護先民渡臺的護國尊王神像，成為臺北地區香火興旺的寺廟。
自清代中葉以來，雖然經歷了多次改朝換代，西山巖在邵氏族眾的精心呵護和住寺僧人的慘淡經營下，山林茂密長青，寺廟香火不斷，鐘鼓長鳴。近代，泉州崇福寺住持、南少林高僧妙月禪師（俗名邵丕恩，1882－1944年）多次到西山白雲巖弘法，佛學精深，武術高超，壹時傳為佳話。解放以後，根據國家的林業和宗教政策，西山巖的山林地歸屬以及寺廟管理均維持數百年來的傳統，壹直沒有改變。
“文革”十年動亂，極左思潮泛濫，白雲巖寺的佛龕被砸，菩薩被毀，住持僧人傳植老和尚不堪淩辱，憤而自殺，山林寺廟遭受空前浩劫。1976年10月5日還發生過壹起不應有的山林地歸屬的糾紛，在極左思潮的炒作下，造成嚴重惡果，影響安定團結。
二十世紀八十年代神州大地撥亂反正，國家的宗教政策和林業政策逐步落實。在當地邵氏族眾及海內外善男信女的鼎力支持下，白雲巖寺佛像重雕，殿宇翻新。文革中被改變的部分山林地的權屬，經1984年廈門市中級法院的判決和同安縣人民政府對山林地重新定權發證，終於撥亂反正，維持六百年來的山界不變。在各級政府關心支持下，西山的封山育林、水土保持取得重大進展。
如今，三秋桂子，十裏松濤，連天雲海，參差殿宇，已成西山迷人的景觀。正如山門對聯所描述的：“壹山紫氣擁慧日，萬壑青松卷祥雲”；“名山隱禪林，十裏松濤聞獅吼；勝地疑仙境，三秋桂魄伴龍吟”；“雲開浯海東瀛見、巖輔銀城西嶽雄”。
1993年四月，旅居臺灣三重市的邵氏宗親首次組團返鄉祭祖，登臨西山，進白雲巖寺及護山宮祖廟進香。1994年臺灣邵氏宗親捐款300萬新臺幣，與同安宗親聯手，***集資近200萬元人民幣，擴建狹小的“半山宮”為建築面積560多平方米的寺廟建築群，並按三重市的命名，改稱“護山宮”。這壹盛舉充分體現了兩岸同胞難舍難分的地緣、族緣、文緣和神緣，在閩臺兩岸宗教、文化交流史上留下濃墨重彩的記錄。在擴建半山宮為護山宮的碑記中，作者曾賦七律壹首以紀勝概：
“血戰孤城半壁紅，力匡唐室建奇功。千秋正氣睢陽齒，萬古高風義士容。西嶽棠蔭無雙地，東瀛澤沛有三重。嵯峨殿宇迎曦日，兩岸淵源壹脈通”。
西山巖山體占地近三平方公裏，與廈門島內萬石山南北相望，規模相當，是廈門郊區不可多得的旅遊資源之壹。山上，“西嶽龍泉”、“紫雲洞天”、“佛光普照”、“梵塔淩空”、“雄獅觀日”、“雙鳳朝陽”、“羅漢茗香”、“侍郎余韻”、“杏林春雨”等自然景觀和人文景觀正在逐步修復或規劃建設。
2001年在市建委等部門的支持指導下修建起來的三門洞仿古石質山門，雄偉壯觀，屹立於西山東麓。山門正面，中國書法家協會主席啟功先生親筆題寫的“西山白雲巖”橫匾，風流蘊藉，莊重典雅；著名書法家周誌高行草書寫的主聯“山扼漳泉，氣象萬般吞鷺海；寺淩金廈，鐘聲千載響唐音”，筆力千鈞，氣魄不凡。聯文與書法珠聯璧合，為天龍山的“龍頭”——西山巖畫龍點睛，增光添色。