在殖民史上，皮薩羅是殘忍的代表，但是他的殘忍性格並不影響他偉大的軍事功績。皮薩羅創造的以少勝多的例子在軍事史上是極為引人矚目的。皮薩羅以180人的力量，成功地征服了有600多萬人口的印加帝國，這在歷史上是最驚人的軍事功績。而從作戰條件來分析，西班牙人的火器是並沒占絕對優勢的火繩槍裝火藥費時，實際上並不如弓箭好用，尤其是在秘魯的山地、叢林中；更何況皮薩羅剛進入卡哈馬卡時，只有3人有火繩槍，不到20人有火器。西班牙人的勝利主要是靠指揮和決心，而不是常人所說的武器。當然皮薩羅也遇到不少好運氣，但皮薩羅在軍事指揮上的重要作用不能因為他是壹個殖民者而加以否定。
皮薩羅征服了印加帝國後，在征服地區強行推行西班牙的宗教文化，這些地區至今的官方語言還是西班牙語，並保留著大量的西班牙文化。印加帝國崩潰後，南美洲也沒有任何地方取得反歐洲征服的勝利，數百萬印第安人仍然生活在南美洲。南美洲大陸的大部分地區印第安人從未得到過政權，歐洲的宗教和語言壹直占著主導地位，可見皮薩羅這次遠征意義深遠。
皮薩羅的壹生反映了西班牙對拉丁美洲進行殖民統治的過程，皮薩羅本人也是壹個典型的殖民者的代表。對於這個改變歷史進程的西班牙人，後世的評價也褒貶不壹，但是有壹點是公認的：皮薩羅的遠征是當時歷史的產物，皮薩羅是改變印第安人歷史的人物。