事後，安徽省迅速作出處理：責成界首市委、市政府深刻檢查；責成阜陽市按幹部管理權限，追究相關人員責任，免去負主要領導責任的界首市教育局局長職務，在進壹步查清事實的基礎上，依相關規定對其他責任人員給予相應紀律處分；在全省對界首市套取國家教育資金問題通報批評；由省財政部門追繳界首套取的663.5萬元教育資金。
“這個事情中有4人被處理。除了原局長張國輝被免職，還有1名副局長被免職，計財股股長、副股長都記大過處分、調離原崗位。”界首市教育局副局長柴旭說，原局長張國輝以普通工作人員身份被調往市統計局，其他3人都待崗在家，其中1人生病住院了。
2012年3月9日，界首市十五屆人大常委會第壹次會議通過《關於決定任命市政府組成人員的通知》中，原市司法局局長肖凱被任命為市教育局局長，原統計局局長陳學新被認命為市商務局局長，但在該份任免名單中並未涉及張國輝。早報記者試圖了解張國輝何時被免職、前往統計局工作的任免文件，但在該市政府網站“人事任免”中未查到。
公開材料顯示，在2012年1月7日“界首市虛報學生人數套取國家經費”事件被媒體曝光後，張國輝仍多次以教育局局長的身份參加各類公開活動。而他最後壹次以市教育局局長身份出現，是在2月29日的“界首市學校交通及防溺水安全工作聯席會議”上。根據現教育局局長肖凱任命是在3月9日判斷，張國輝免職時間應在2月29日至3月9日。
界首市政府行政大樓的東樓3樓是市發改委、統計局辦公地。早報記者詢問兩名發改委人員，“現任統計局局長是誰？何時調任？”他們均表示，“局長叫張國輝，3月份剛從教育局調來。”不過，早報記者詢問統計局副局長時，對方告知：“統計局局長目前空缺，張國輝是統計局工作人員，到這裏具體負責工作，享受正科級待遇。”
據了解，張國輝在統計局的辦公室是該局原局長辦公室，但現在門上並未掛“局長室”字樣。早報記者敲開門，詢問是不是張局長辦公室，開門的壹位中年男子說：“我是統計局普通工作人員，在這裏工作，不是什麽局長。”隨後，他表示，自己就是張國輝。
張國輝表示，作為教育局長有不可推卸的責任，對免職沒有太多可說的。“不過我可以保證，套取的資金用於教育投入，沒亂花壹分錢。因為界首經濟比較落後，財政投入教育的錢不足，教育投入有很大缺口，這筆錢全部用到各校基礎設施改善上了。”至於為什麽不通過正規途徑爭取經費，張國輝沒有應答。
“我們把人數報上去以後，發下來的錢再根據學校實際人數撥下去，不會多撥壹分錢。剩下的錢作為教育局的富余資金，補助薄弱學校。套用的600多萬元主要用在22所中心學校建設上，是分3次撥的，用於維修校舍、購置教學設備、課桌凳、圖書等，調查出來也是這個結果。如果有濫用、揮霍，不會只是免職，處理肯定還要重。”柴旭表示，該市18個鎮（鄉、街道）***有160多所各類中小學，其中有22所為中心學校。這些學校普遍存在教育基礎設施薄弱等問題。考慮到教育集約化因素，近期該市教育投入的重點是22所中心學校，被套用的600多萬元主要是用在中心學校的投入上。