乙醛酸循環在乙醛酸體進行。
乙醛酸循環是植物細胞內脂肪酸氧化分解為乙酰CoA之後，在乙醛酸體內生成琥珀酸、乙醛酸和蘋果酸；此蘋果酸可用於糖的合成的過程。動物和人類細胞中沒有乙醛酸體，無法將脂肪轉變為糖。植物和微生物有乙醛酸體。油料植物種子萌發時存在著能夠將脂肪轉化為糖的乙醛酸循環。水稻盾片中也分離出了乙醛酸循環中的兩個關鍵酶異檸檬酸裂解酶和蘋果酸合成酶。
反應過程：脂肪酸經過β-氧化分解為乙酰CoA，在檸檬酸合成酶的作用下乙酰CoA與草酰乙酸縮合為檸檬酸，再經烏頭酸酶催化形成異檸檬酸。隨後，異檸檬酸裂解酶將異檸檬酸分解為琥珀酸和乙醛酸。再在蘋果酸合成酶催化下，乙醛酸與乙酰CoA結合生成蘋果酸。蘋果酸脫氫重新形成草酰乙酸，可以再與乙酰CoA縮合為檸檬酸，於是構成壹個循環。
乙醛酸循環特點和意義：
乙醛酸循環和三羧酸循環中存在著某些相同的酶類和中間產物。但是，它們是兩條不同的代謝途徑。乙醛酸循環是在乙醛酸體中進行的，是與脂肪轉化為糖密切相關的反應過程。而三羧酸循環是在線粒體中完成的，是與糖的徹底氧化脫羧密切相關的反應過程。油料植物種子發芽時把脂肪轉化為碳水化合物是通過乙醛酸循環來實現的。
乙醛酸循環實現了脂肪到糖的轉變，對植物的生長發育起著重要的作用。乙醛酸循環提高了生物體利用乙酰-CoA的能力。只要極少量的草酰乙酸做引物，乙醛酸循環就可以持續運行，不斷產生琥珀酸，為TCA回補四碳單位。