板房溝鎮地形南部為山地，北部地勢平緩，地勢南高北低，由西向東北傾斜。其海拔為1800m。
板房溝鎮地處烏魯木齊縣中部，東與水西溝鎮隔河相望，南與巴音郭楞蒙古自治州和靜縣接壤，西與薩爾達阪鄉、火豐鄉毗鄰，北接天山區。