有關直屬於將軍的職務，是從譜代大名裏任命的。與旁系諸侯相比，幕府並未給予譜代大名高俸祿，而是給予了他們參與策劃幕政的權利。
大老
幕府臨時的最高職務。雖統括政務，但只參與基本的重要政策的確定。定額是壹名，由土井、酒井、堀田、井伊四家獨占。
老中
常設的最高職務，統括幕政。定額是四到五名，由老中裏最先上任者或是禦門第等特別門第出身的人作為老中首席位置。
京都所司代
京都的警衛，朝廷與關西大名的監視，並統括畿內四周的直轄地。在職務編制上是僅次於老中的重要職務。
側用人（1）
將軍近侍的最高職。向老中傳達將軍的命令，將老中的呈報傳達給將軍。（1）往往執掌大權。
大阪城代
大阪城的警衛，關西大名的監視，其任務為統括大阪值班的幕府役人（2）。
寺社奉行
全國的寺院和神社、寺院和神社領的管理，掌管宗教統制的職務。加上堪定奉行和町奉行的三奉行中的最上位。
奏者番
掌管有關殿中所用禮儀事項的職務。在年初等諸大名謁見將軍的時候，負責進行轉達。
若年寄
作為主人，施行旗本的統括。定額為三~五名。
中位的職務
對中位的職務，是從高級、中級旗本中任命。
高家
由老中支配，掌管幕府的儀式和典禮。負責欽差、朝臣的接待，過往宮中的使節等。俸金是1500石，不過官級與大名並列。
大目付
由老中支配，作為老中的耳目，進行對大名、交代寄合、高家的監察等，幕政壹切的監察。
町奉行（3）
支配江戶的町方（4），並全面掌管行政、消防、司法。老中支配，比堪定奉行職位高。
堪定奉行
掌管皇室領地的民政和租稅征收，幕府財政的經營，皇室領地的訴訟等。對部下設有諸多職務，也掌握著郡代、代官等。老中支配。
大番頭
應對江戶城和江戶市內的警戒，在戰時統率作為先鋒而工作的大番。大番頭下面設有四名組長，四十六人的組眾，還有與力和同心隸屬其下。老中支配。
留守居
將軍離城時，負責江戶城警戒。在幕府初期是擁有極大權限的重要職務，從將軍沒有離開江戶之始就變成了閑職。老中支配。
遠國奉行
被置於全國直轄地的奉行的總稱。在任地掌管民政與司法。京都、大阪、駿府的各町奉行和長崎、堺、奈良、山田、日光、佐渡等地的各奉行。老中支配。
小普請（7）組支配
由旗本、禦家人統領無工作之人（小普請組）。老中支配。
普請奉行
勞務為江戶城內的土木工程。也負責神田、玉川上水的管理。由老中支配，與作事奉行、小普請奉行壹同被稱為下三奉行。
書院番頭
統領負責江戶城諸門的警戒、將軍出行時前後警戒的書院番。在番頭下面有組頭，隸屬其下有組眾。若年寄支配。
小性組番頭
統領小性組。任務與書院番大致相同。番頭下面是組頭，之下有組眾附屬。若年寄支配。
小普請奉行
負責後宮、東叡山、貴族府邸的營造、修繕。若年寄支配。
目付
作為若年寄的耳目，施行對旗本、禦家人的監察。
為就任這些職務，定有門第標準。這就叫作役高。也就是說，職務是依照家祿而決定的。因而，無論有多優秀，也不能就任要職，那就帶來了組織的僵硬化。除掉這個弊病的是由第八代將軍吉宗的享保改革而制度化的足高制。由盡管想采用的人才的門第沒達到役高，也可補填那件差事，開辟了任用人才之道。這個制度持續到幕末，對運用優秀人才有利，然而在龐大組織中，那也暗藏危機。
譯者註：
（1）、將軍的側用人負責向老中傳達將軍的命令，大名和旗本的側用人主管家主的庶務和會計工作。
（2）、即公務員，工作人員。
（3）、町奉行：江戶幕府設在江戶、京都、大阪、駿府掌管市裏行政、司法、消防的官吏。
（4）、町方：（江戶時代町政務長官下屬的）下級衙役，偵探。
（5）、與力：本為協助主官工作之意。在（江戶時代）捕吏、警長（在“奉行”之下、“同心”之上）的官職（官吏）。類似於我國舊時的師爺。
（6）、同心：（江戶時代）下級警務人員。
（7）、普請：建築。施工。修繕。