柑橘的根系依扡插苗（包括高壓苗）或實生苗而異。扡插苗主根不發達，支根與須根較多，而實生苗有較強的主根。種子是多胚性，實生苗大部保持了母本特性的珠心苗，因此，培育實生砧木苗比扡插砧苗方便有利。幼苗定植後，先生長垂直根，然後分出支根，橫向伸展為水平根，再後才盛發須根。喬化性較強的品種，垂直根生長時間較長，水平根和須根網形成遲，即T/R值小（地上部/根系）；矮化性較強的品種，垂直根生長時間短，很快過渡到水平根與須根的生長，即T/R值大。柑橘根毛極少，主要靠爪狀須根吸收水分和養分，瓜狀須根短而彎曲，在通氣良好時生長多而粗壯密生成團。柑橘具內生菌根，接種菌根可提高磷的吸收能力。盆栽的柑橘，骨幹根呈水平分布，垂直根生長少，可以提早開花結果。柑橘根系再生能力強，可以用根剪技術控制生長。柑橘根系在土溫上升到12.8℃時開始活動，適宜生長的溫度為25～26℃，當土溫超過37℃時停止生長。每年根系有3次生長，第壹次在春梢自剪後，在武漢3月上旬開始生長，5月下旬停止生長，生長量不大；第二次在夏梢自剪後，即6月上旬至9月上旬，生長量較大；第三次在秋梢自剪後，即10月上旬到翌年1月中旬。以7月和10月生長最旺盛。