壹、在市場經濟條件下沿用計劃經濟的征地補償辦法缺乏合理性
我國現行的征地補償辦法是在計劃經濟條件下形成的、建立在大鍋飯基礎之上的、純粹的補償關系。在市場經濟條件下繼續沿用這套辦法 由於條件的變化 已經和正在被證明是非常不合理的。其主要表現是：
1、農民購買的生產資料、消費品、社會服務已經完全改變為市場定價、某些情況下還高於市場價格，但他們的土地被征收（用）時卻繼續實行政府定價。
2、生產要素已經基本改變為按市場機制配置，征收（用）農民的土地卻繼續實行計劃配置。
3、政府壹手繼續以極低的計劃價格取得土地，另壹手改變為以極高的市場價格出售土地。
這個不合理的過程就赤裸裸的擺在農民面前。
中國的老百姓是在幾千年的順民傳統教育中熏陶出來的 極少有統治者對老百姓進行維護自身權益、防止政府侵權的教育 絕大多數人根本還沒有個人和官府應該是平等的權力主體這樣的概念。他們幾乎本能的接受官府的任何要求，只要這個要求能夠辦到。當某壹辦法不能被中國的老百姓接受的時候，那就標誌這個辦法太不合理了。征地拆遷中出現的越來越多地依靠強制執行甚至大打出手，基本原因是征地辦法本身就很難以理服人。
2005年8月11日，最高人民法院的壹條司法解釋正式生效：拆遷人與被拆遷人、或者拆遷人、被拆遷人與房屋承租人達不成拆遷補償安置協議，就補償安置爭議向人民法院提起民事訴訟的，人民法院不予受理，可以按照有關規定向有關部門申請裁決。對裁決不服的，拆遷當事人可申請行政復議或者直接提起行政訴訟。根據這壹解釋，有關部門將不能再向人民法院申請強行拆遷。人民法院退出強行拆遷的原因不言而喻。
二、唯獨讓失地農民為公益性做出犧牲的征地補償辦法缺乏公平性
以政府定價征收（用）農民土地的理由是公益性。但是，市場經濟條件下的公益性只應該體現在征用土地的必要性上，根本就不應該體現在價格上。其理由大致如下：
1、以公益性為理由壓低征地補償價格，公益性就直接成為不等價交換的代名詞。
2、必然形成壹部分人（農民）為公益性做出犧牲、另壹部分人從公益性中獲利的局面。
3、有什麽理由唯獨讓收入最低的社會階層中、又要失去基本生產資料的這壹部分農民再為公益性做出犧牲呢？其它社會階層為什麽不為公益性做點犧牲？
4、有什麽理由唯獨對土地實行國家定價，公益性所需要的其它生產資料為什麽不實行國家定價？
5、又用什麽來保證土地價格雙軌制不會成為既浪費土地又孳生腐敗的土壤？
這個看似冠冕堂皇的公益性被濫用了，對農民恰恰是既不公又無益，亦即對人口的大多數既不公又無益。
這種補償辦法的直接後果是失地農民難以維持長遠生計。東部發達地區某省曾經做過壹項調查，土地價格雙軌制價差的分配格局大概是：地方政府占20～30%，企業占40～50%，村級組織占25～30%，農民占5～10%。按照規定，地方政府應將土地收益的30%上繳中央政府，即地方政府實際占14～21%，中央政府占6～9%。在農民眼裏，村級組織也是“公家”（政府）序列。於是，土地價格雙軌制的分配總格局是：“公家”（政府）和什麽也沒有失去的企業占90～95%，失去土地的農民僅僅得到土地收益的5～10%。這樣的分配格局，公平性何在？華北和西北農民把這種現象比喻為：割了羊卵不管羊死活。
三、借助征地補償辦法侵犯農民權益的最大特點是具有合法性，
因而迅速上升為侵犯農民權益的新形式
征地補償價格太低導致農民損失巨大。據國務院有關權威人士估計，改革開放以來通過低價征用農民的土地，最少使農民蒙受了2萬億元的損失。據農業和國土資源方面的有關專家測算將近5萬億元。還有壹種估計是大約9萬億元。如此龐大的數字，豈是壹個“不等價交換”可以了得？
為什麽會形成如此嚴重的侵犯農民權益的局面？
因為這種手段合法。借助不合理的征地補償辦法侵犯農民土地權益的最大特點就是具有合法性。地方政府迅速抓住這壹合法不合理的手段攫取土地利潤，使這壹手段迅速上升為新形勢下侵犯農民權益的新形式。本來不高的征地補償費又發生被拖欠、挪用、克扣現象，更激化了農民的不滿情緒，引發了大量失地農民上訪和群體性事件，使矛盾迅速向中央政府集中。
另外，征地補償價格過低，等於以行政手段使農民的土地使用權嚴重貶值。土地使用權貶值又拖累與土地使用權相關的政策、法律、法規相應貶值，使得相應的對農民的利好政策往往成為鏡花水月，也有損於黨和政府的威信。