南薰礁位於鄭和群礁的西南角、鴻庥島西方，是中國固有領土，中國政府對此擁有無可爭辯的主權。
南薰礁是鄭和群礁西南部的幹出礁盤，有南北兩個珊瑚礁體組成。通常所說的南薰礁壹般指的是北側面積較大的礁盤，該礁盤上有南北兩處小沙洲和多處礁頭。南熏礁東北側漫長的珊瑚礁脈對東北風浪具有消減作用，使得珊瑚砂石在礁盤東北角堆積，對小沙洲的形成起著至關重要的作用。小南薰礁（西南礁）由於沒有沒有東北側礁脈，礁盤縱深也不大，因此形成不了沙洲。 南薰礁為高潮淹沒，低潮露出的幹出礁，有南北兩個珊瑚礁體組成。北側礁體較大，稱南薰礁；南側礁體較小，
壹般稱小南薰礁，兩礁相距約2.5海裏，兩礁之間的水道中有壹些水深6米左右的暗礁。大南薰礁長約1400-1850米，東北端有高2米的沙堆，接近2平方公裏，小南薰礁（西南礁）為橢圓形，長1400米，兩礁間12.8-18.3米水深處為錨地。 根據外媒新聞，南薰礁已經成為形狀如風箏的人工島。 在中國軍隊駐守的南沙各礁之中，南薰礁的氣候最惡劣。因為南方不遠就是壹條漫長的大海槽，是深海區，風急浪高。
礁上官兵介紹說，在南薰，12級的臺風可以連著刮幾天，10級臺風持續半個月是常有的事。因為礁堡緊挨著深海區，浪大的時候足有25米高，大浪經常打向原來的礁堡的二樓。有很多來過南沙四五次的人，都因為風浪太大，沒能登上南薰礁。