嘉靖四十年，戚繼光大敗倭寇於臺州，以功進都指揮使。四十壹年，奉命率師增援福建，搗毀倭寇巢穴橫嶼(今福建寧德東)、牛田(今福建福清南)，直至興化(今福建莆田南)等地，進都督僉事。四十二年。他再次領兵入福建，在福建巡撫譚綸的指揮下，與劉顯、俞大猷聯合攻克平海(今莆田東南)。進為都督同知，又升為總兵官，鎮守福建和浙江金華、溫州二府，都督水陸諸戎務。四十四年，俞大猷率水兵，戚繼光將陸兵，於南澳剿平廣東倭寇，解除東南倭患。四十五年，進職兼管潮、惠二府並伸威等營戎務。
隆慶二年(1568)，戚繼光以都督同知總理薊州(今河北薊縣)、昌平、保定三鎮練兵事務，後又為總兵官，兼鎮守薊州、永平、山海諸處，並督帥十二路軍戎事，因屢立戰功，萬歷二年(1574)升左都督，七年加太子太保，錄功加少保。為當國大臣高拱、張居正等倚重。戚繼光在薊州十六年。加固長城，築建燉臺，整頓屯田，訓練軍隊，制訂車、步、騎配合作戰的戰術，形成墻、臺、塹密切聯絡的防禦體系，多次擊退侵擾之敵，軍威大振，薊門平靜。時人譽為“足稱振古之名將，無愧萬裏之長城”。
戚繼光在張居正死後受到排擠。萬歷十壹年被調任廣東總兵官。十三年以年老多病，謝職歸家，十五年病逝，著有《紀效新書》、《練兵實紀》兩部軍事名著和《止止堂集》等。
* 嘉靖二十三年(1544)襲父職為登州衛指揮僉事。
* 1555年調往浙江抗倭，任參將，鎮守寧、紹、臺(今臨海)三府。戚繼光鑒於明軍紀律松弛，素質不良，戰鬥力低下，至義烏招募農民和礦工4000余名，編組訓練成戚家軍，成為抗倭主力。此後
* 嘉靖四十年，在臺州、仙居、桃渚等處大勝倭寇，九戰皆捷。次年奉調援閩，連破倭寇巢穴橫嶼、牛田、興化，閩境倭寇主力被消滅殆盡。因功升署都督僉事。
* 四十二年再援福建，破倭寇巢穴平海衛(今莆田東南)，進官都督同知，升福建總兵。
* 此後轉戰閩粵沿海各地，終於解除東南沿海倭患。
* 隆慶二年(1568年)，明廷特召戚繼光總理薊州、昌平、保定三鎮練兵事，總兵官以下悉受節制。16年間他整飭防務，加強戰備，修築禦敵臺，設立武學，訓練將士，編成壹支車、騎、步三者皆備的精銳部隊，使防禦鞏固，京師(今北京)安全。後被排擠，南調鎮守廣東。再後被誣陷奪職。
* 1588年1月5日卒於登州。
著作還有《蒞戎要略》、《武備新書》等。因其抗倭偉績，歷來被視為民族英雄