1、陳祖德院長1991.10－2003.06
陳祖德（1944.2.19～2012.11.1），男，中國圍棋職業九段棋手。上海人。歷任國家體育總局棋類運動管理中心主任、中國棋院院長，中國圍棋協會副主席、主席，《中國圍棋年鑒》編委會主任，是新中國成立以來傑出教練員。1978年、1983年，當選為第五屆、第六屆全國人民代表大會代表。
2、王汝南院長2003.06－2007.01
王汝南，1946年9月2日出生於安徽合肥，中國著名圍棋運動員，中國棋院第二任院長，原中國圍棋協會主席。
1960年學棋，1962年獲全國少年兒童圍棋賽冠軍，1963年進入國家圍棋集訓隊，1965年國家圍棋隊成立，成為主力隊員，多次訪日參加中日比賽，1966年在中日圍棋水平仍有差距時戰勝日本九段。七十年代國家圍棋隊恢復後曾獲全運會圍棋項目銀、銅牌，又作為教練員兼運動員為培養新人盡力。
3、華以剛院長2007.01－2009.06
華以剛，江蘇常州人，1949年4月2日生。11歲進體校，16歲進集訓隊。1982年被授予圍棋八段，壹直從事圍棋行政工作，曾任中國棋院圍棋部主任、副院長、中國圍棋隊領隊、中國圍棋協會副主席等職。現任中國圍棋協會副主席、秘書長兼裁判委員會主任、中國棋院院長、中國圍棋隊領隊、《中國圍棋年鑒》編委會副主任。
4、劉思明院長2009.06－2015.01
劉思明，男，1954年出生，現為中國棋院院長。業余5段，本科學士學歷。
曾任《新體育》雜誌社《圍棋天地》記者，《新體育》雜誌社圍棋編輯部副主任、主任，中國體育報業總社副社長。
2009年6月19日，原中國棋院院長華以剛卸任，國家體育總局棋牌運動管理中心主任劉思明成為中國棋院新任院長。
5、朱國平院長2018.09~截止2021年
朱國平，現任國家體育總局棋牌運動管理中心（中國棋院）主任（院長）、黨委書記。2018年9月，朱國平為棋牌運動管理中心（中國棋院）主任（院長）、黨委書記。免去朱國平的機關黨委常務副書記、紀委書記職務。