玄奘法師的墓塔在興教寺的後面，慈恩塔院中間最高的壹座就是，高達21米，但是層數並不多，總***只分為了5層，非常的莊嚴肅穆。遠遠看去，整體呈正方形，是典型的唐朝方形建築。玄奘法師的墓塔是用磚塊建造而成，可整體又模仿的是木制結構塔，是現在存有 歷史 最長的仿木樓閣式結構磚塔，也是最有有代表性仿木樓閣式結構磚塔。
玄奘法師的墓塔主要分為三個部分，分別為臺基、塔身和塔剎。墓塔的塔額上面寫著“興教”兩個大字，和寺廟為同壹個名字，是唐肅宗親筆所題，顧名思義，就是興盛唐朝佛教的意思。而正面的塔額上，則刻著“古塔重興”四個大字，東邊和西邊刻著的是佛教常見的問候用語“阿彌陀佛。
事實上，玄奘法師安葬之地壹開始並不葬在長安縣樊川東邊的郊外。664年，也就是唐高宗麟德元年的時候，玄奘大師在陜西省君縣玉華寺走完了自己傳奇的壹生。因為玄奘大師死前曾經針對自己死後的安葬之地留下了“擇山澗僻處安置，勿近宮寺”這樣的遺言，所以唐高宗根據這句遺言將玄奘法師火化後的骨灰和舍利安葬在西安東邊郊外的白鹿原，但是後來唐高宗每次看到白鹿原，就會想起玄奘法師傷心的落淚。
所以669年的時候，還是唐高宗皇後的武則天做主將玄奘法師的墓移葬到了長安城南邊的少陵原，也就是現在的長安縣樊川東邊的郊外，並在此處的基礎上修建了玄奘法師的墓塔和興教寺，以此來紀念玄奘法師為唐朝佛教做的貢獻，興教寺還因此在之後成為了大唐護國神寺。
此外，慈恩塔院中，玄奘法師墓塔的東西兩側還有兩座樓閣式實心磚塔，不過都不高，只有三層。東側的小塔是玄奘法師最看重的弟子窺基的墓塔，始建時間是682年，後來因為歲月的侵蝕有些毀壞，829年的時候又重建了。墓塔裏面安葬著窺基的舍利，匾額上刻著“基師塔”三個大字。
而西側的小塔則是玄奘法師另外壹位比較看重的弟子圓測的墓塔，建造時間比較晚，是在北宋時期建造的，不過建造風格卻是仿造唐朝墓塔的。墓塔裏面安葬的是圓測的舍利，匾額上刻著的則是“測師塔”三個大字。兩座小墓塔的底層都鑲嵌了石刻的塔銘，上面記載著他們的生平事跡，如今都是國家重點保護文物。