1、銷售品牌區別：當當網圖書專營店銷售的是多個品牌的書籍。它作為壹個專營店，提供來自各個品牌的圖書，涵蓋了更廣泛的選擇範圍，顧客可以在這裏找到多個品牌的圖書。當當網圖書旗艦店銷售的是當當網自家品牌的圖書。圖書是當當網自己出版或合作出版的，有特定的品牌標識和特色。
2、商品來源區別：當當網圖書專營店銷售的商品是由品牌方授權的，屬於正品。意味著當當網與各個圖書品牌建立了合作關系，銷售的圖書都是經過授權的正版產品。當當網圖書旗艦店銷售的商品是品牌方直接入駐當當網，自己經營的商品。商品是品牌方直接在當當網上開設的官方店鋪，自己負責經營和銷售商品。