2012年4月12日上午11時許，因低燒入廣州新海醫院就醫的他心跳驟停，雖經搶救仍不幸離世。
“我們也在等結果，也想弄清到底是怎麽回事”新海醫院醫務科科長劉誌平表示，院方專家分析後，初步認為戚錦典的離世與急性重度心肌炎有關，“這個病目前是醫學界的難題”。
13日中午，相關部門在征得家屬同意後，已對戚錦典進行了屍檢。劉誌平稱，待屍檢結果公布後，各方才能厘清死因、判明責任方是誰，他認為院方的救治未出現過錯。
14日，從廣東湛江趕來的戚錦典的親屬將戚錦典的遺體送至中山大學法醫鑒定中心進行屍檢，家屬認為負責救治的醫院在治療過程中有過失，導致了戚錦典的死亡。