二級學院是指壹所大學下面的所有學院，分為校屬二級學院以及獨立二級學院（簡稱“獨立學院”）。公辦大學的校屬二級學院是公辦性質，學校對其掌握有絕對的辦學權和控制權，如山西醫科大學第壹臨床醫學院、基礎醫學院、護理學院、藥學院等等都是山西醫科大學校屬二級學院，這些學院並不是獨立的單位，只是負責教學管理，相當於山西醫科大學的機構，但不負責招生。而獨立學院不同，由公辦學校提供壹定資源，社會團體或者民營經濟主辦的，具有獨立法人、獨立辦學、獨立財務、獨立校園的二級學院，擁有獨立招生權，是獨立學院。比如山西醫科大學晉祠學院就是獨立二級學院，具有獨立招生權等等，不過教育部規定這些學院以後須脫離母體（不能再帶山西醫科大學的字樣）
這裏需要提醒的是山西醫科大學汾陽學院相當於分校性質的，其實不算獨立學院。