朱琦出身於下層官僚家庭。其父朱鳳森，嘉慶六年（1801）進士，曾任河南濬縣、固始知縣，遷河南府通判，有政聲。工詩文，善詞曲。著有雜劇《平錁記》及傳奇四種。
朱琦於道光十壹年（1831）中舉人。道光十五年（1835）中進士。由編修遷禦史。時值鴉片戰爭之後，有感於國事頹敗，屢上疏論天下大事，切直敢言，與陳慶鏞、蘇延魁曾被譽為“諫言三直”，加上金應鱗，又稱“四虎”。道光二十六年（1846），朱琦因建議不被朝廷采納，辭官回到家鄉桂林。受聘於桂林著名的桂山書院（又稱孝廉書院），任山長。太平天國起義後，以組辦團練助守省城之功，擢為道員。鹹豐十壹年（1861），總理杭州（今浙江省杭州市）團練局，太平軍攻占杭州，被殺（壹說自殺），贈太常寺卿。