博斯克於1984年退役後出任皇馬B隊主教練，曾於1994年和1996年兩次任皇家馬德裏的臨時主教練。1994年皇馬解雇了主教練桑斯，博斯克作為臨時主教練帶隊打了11場比賽，直到巴爾達諾接任主教練。而在1996年，皇馬解雇了當時的主教練伊格萊西亞斯之後，博斯克又作為臨時主教練帶隊打了壹場比賽，然後又回到了皇馬B隊的崗位上。
而在1999年，博斯克第三次臨危受命被任命為皇家馬德裏臨時主教練，以接替成績不佳的托沙克。當時輿論認為博斯克此次也只是如前兩次壹樣的過渡教練，但博斯克隨後帶領球隊取得的出色成績使得他獲得了轉正。盡管皇馬在西甲聯賽中皇馬僅僅名列第五，但是在歐冠聯賽中皇馬表現優異，淘汰賽裏皇馬先後擊敗了曼聯和拜仁慕尼黑，而在決賽中3-0擊敗了同樣來自西甲的球隊瓦倫西亞，獲得了皇馬歷史上的第8座歐洲冠軍杯。
2000年，弗洛倫蒂諾當選為皇馬主席，在他上任後他就從死敵巴塞羅那隊挖來了葡萄牙巨星路易斯·費戈。在博斯克的指揮下，費戈也不負眾望表現優異，首個賽季即在各項比賽中打進了14球。皇馬在2000/01賽季的各項比賽中依舊表現穩定，雖然在歐冠半決賽中遺憾的負於卡恩領銜的拜仁慕尼黑，但他們在聯賽中以80分的總分贏得了闊別四年的西甲聯賽冠軍。
但是2000年12月14日，博斯克卻在國王杯中遭受空前的恥辱，托雷多，此前沒有多少人能知道這個西班牙丙級球隊的名字。但在那場比賽中正是這支叫托雷多的球隊2-1擊敗皇馬，爆出近壹大冷門。盡管勞爾、菲戈等大牌明星都在本場比賽中被雪藏，但博斯克依然無法為失敗找出任何借口，他甚至在賽後表示托雷多隊讓自己輸得心服口服。
2001年夏，皇馬繼續巨星政策，齊達內以創世界記錄的身價加盟皇馬，而皇馬上下立誌在2002年俱樂部的百年大慶上為球隊奪得第9座歐冠冠軍獎杯。雖然皇馬在聯賽中僅獲得第三名，但在歐冠決賽裏皇馬依靠齊達內的天外飛仙2-1擊敗勒沃庫森，贏得了皇馬百年歷史的第9個歐冠冠軍，為球隊的百年大慶送了厚禮。
2002年夏，羅納爾多加盟皇馬，在博斯克的指揮下，羅納爾多也很快融入球隊。博斯克在這個賽季帶隊贏得了歐洲超級杯和豐田杯的冠軍。但是巨星無法掩蓋博斯克的軟肋歐冠八強如果不是大羅的帽子戲法，誰知道曼聯不會絕地翻盤呢？
歐冠半決賽成為了賽季乃至博斯克皇馬生涯的轉折點，率領壹手豪華好牌的博斯克在比賽中占盡優勢卻只是小勝，他也如同偷襲珍珠港之後的將軍壹樣，深知放虎歸山，後患無窮。
但是在歐冠半決賽第二回合之前的西班牙國王杯1/4決賽的博斯克徹底淪為了馬洛卡的靶子，4:0！ 替補不是他輸球的借口，要知道即使是替補的皇馬也是豪華的二隊。
在歐冠半決賽第二回合對陣尤文圖斯的比賽中，厄運徹底到來，博斯克的皇馬早早就被老謀深算的“裏皮”3球領先，運氣再也沒有眷顧這位抱著巨星大腿的主帥，大羅帶傷替補拼盡全力博得的點球也無補於事，直到終場前才由齊達內扳回壹球。最終，皇馬因為傷員過多兩回合3-4被對手淘汰出局，很多人認為如果當時羅納爾多沒有受傷，皇馬肯定能晉級決賽。但是這壹系列的慘敗成為博斯克下課的導火索。
而在西甲聯賽中，大羅與皇馬表現優異，最後爭奪冠軍的關鍵時刻，大羅場場梅開二度，在聯賽最後壹輪3-1擊敗畢爾巴鄂競技後，皇馬捧起來俱樂部歷史上的第29座聯賽冠軍獎杯，這也是博斯克作為教練的第二個西甲冠軍。
博斯克執掌皇馬四年，他的才能獲得了足球界的壹致認可。博斯克為人謙虛和睦，善於人事管理，皇馬隊內的所有巨星都對他心悅誠服。尤其在皇馬的壹年壹巨星的政策下，博斯克仍然能將這支雲集了當時實際上最優秀球星的球隊管理的井井有條。包括菲戈、勞爾、卡洛斯、羅納爾多等都明言在皇馬只願意佩博斯克為主教練。
但是，就在博斯克帶領皇馬贏得西甲冠軍的第二天，皇馬俱樂部出人意料的宣布不和博斯克續約，和博斯克同時離隊的還有皇馬的功勛隊長耶羅，這壹消息震驚世界足壇。和俱樂部主席弗洛倫蒂諾和俱樂部總經理巴爾達諾的矛盾是博斯克離隊被迫的主要原因。博斯克為人過於低調謹慎，這使得弗洛倫蒂諾認為他的“星味”不足，而巴爾達諾又和博斯克在引援方面意見不合。弗洛倫蒂諾表示：“博斯克已經顯示出能力的“衰竭”。我們必須真誠地指出，根據我們的理念，他不再是合適的教練人選。”有人認為博斯克已經無法駕馭這支豪華戰艦，上賽季的跌跌撞撞就是最好的證明，即使他留在皇馬也不會有什麽作為；有人則認為他是球隊功勛，說得就好像沒有他球隊就不能運作。
不管怎樣博斯克因此與弗洛倫蒂諾交惡，曾公開表示絕不在弗洛倫蒂諾麾下任事，並且曾經三次拒絕了皇馬俱樂部頒給他的金質獎章。 土耳其失意
博斯克於2003年從皇馬離職後，拒絕了弗洛倫蒂諾給予他的技術顧問的邀請。2004年夏天，西班牙國家隊在歐洲杯小組賽中就出局，西班牙足協曾邀請博斯克出任國家隊主教練，但博斯克予以拒絕，最後西班牙隊選擇了阿拉貢內斯。不久博斯克前往土耳其的貝西克塔斯足球俱樂部執教，但在2004/05賽季因戰績不佳下課。
傳聞中的“二進宮”
2006年夏天，墨西哥足協曾邀請博斯克出任墨西哥國家隊的主教練，博斯克在斟酌壹陣後拒絕了邀請，他表示仍然希望留在歐洲。2007年，皇馬主教練卡佩羅體驗了和博斯克當年壹樣的遭遇，皇馬曾考慮讓博斯克重回伯納烏球場，但最終選擇了舒斯特爾。 2008年，剛剛帶領西班牙隊獲得歐洲杯冠軍的阿拉貢內斯功成身退，此時已經在家賦閑了三年的博斯克接任西班牙國家隊主教練。博斯克接手這支強大的“無敵艦隊”，而且他繼承了前任穩定成熟的打法，球隊壹直保持穩定，博斯克在他執教西班牙的前10場比賽裏獲得了全勝戰績。而這個記錄終止於2009年的聯合會杯半決賽，這是博斯克第壹次帶隊出征國際大賽，但在半決賽中0-2負於美國隊，最終只獲得第三名。
聯合會杯的意外失利並沒有到影響西班牙的統治力，在之後的壹年裏，西班牙隊依然穩定，在2010年世界杯預選賽中，西班牙隊獲得了10場全勝的戰績，創下了世界記錄。2010年世界杯，博斯克在關鍵時刻不穩定的軟肋再次顯現，西班牙在首場比賽爆冷負於瑞士隊，但在隨後的兩場比賽中獲得全勝以小組第壹出線。西班牙隊隨後在淘汰賽和決賽中都是以1-0的比分擊敗了葡萄牙、巴拉圭、德國和荷蘭，獲得了西班牙歷史上的第壹個世界杯冠軍。博斯克對此表示：“更衣室裏非常歡樂，這是壹種無法用語言來形容的氣氛。王室成員也再次光臨，他們特別向我們強調，今天我們顯示了西班牙是壹個值得贏得獎杯的國家，我們要把勝利送給所有西班牙隊的支持者。”但在世界杯後博斯克的球隊接連輸給阿根廷、英格蘭、意大利還有葡萄牙，博斯克和他的西班牙有在那壹段飽受質疑。
但是那畢竟是友誼賽，10年世界杯之後，帶領西班牙國家隊獲得史無前例的優異戰績後的博斯克並不滿足，他把目光瞄向了兩年之後的歐洲杯。2012年，西班牙在歐洲杯中依然展現出無可匹及的強大實力，他們在決賽中4-0戰勝在小組賽唯壹不勝的對手——意大利隊成功衛冕了歐洲杯冠軍，他本人也榮獲當年的FIFA最佳教練。同時他也完成了壹項的壯舉。博斯克因此成為了第壹位獲得了世界杯、西甲聯賽冠軍、歐洲冠軍聯賽冠軍、歐洲杯冠軍的主教練。繼裏皮之後，完成了國際大賽榮譽大滿貫，他也成為了當今世界足壇獲得榮譽最多的教練之壹，無論是在“20世紀最佳俱樂部”皇家馬德裏還是西班牙國家隊，博斯克教練都取得了巨大成功。
2013年的聯合會杯，西班牙三戰全勝小組第壹出線，在半決賽點球淘汰意大利晉級決賽後，已經西班牙各項賽事29場不敗，在裏約熱內盧市的馬拉卡納球場的決賽，新舊王者的巔峰對決，但賽前那些所謂的球評家壹致看好西班牙成就大滿貫，但在眾望所歸之下，西班牙居然0：3被斯科拉裏的五星巴西血洗，無敵艦隊在馬拉卡納被擊沈，西班牙的大滿貫夢想被無情擊碎，巴西也終結了西班牙各項賽事29場不敗的紀錄。在裏約我們看到了哈維茫然的眼神，看到伊涅斯塔無助的仰望，看到了博斯克無力回天的惆悵，西班牙向世界證明“無敵艦隊”的沒落。
2014年世界杯則徹底宣告博斯克帶領的西班牙王朝的覆滅。小組賽首輪1-5慘敗老對手荷蘭，第二輪0-2輸給智利提前出局，盡管最後壹場3-0戰勝澳大利亞挽回顏面，但如此慘淡的戰績讓功勛教頭飽受質疑。“我執教西班牙國家隊六年了，這段時間我們壹直是世界第壹，”博斯克略帶傷感地說，“我們有壹批表現出色的球員。現在我們雖然輸了，但仍然可以昂著頭。”“西班牙隊的未來是光明的，正如妳們今天看到的，無論教練是誰，西班牙隊都是壹流強隊。”
自2008年接手阿拉貢內斯執教的西班牙國家隊後，至今（2012年9月12日）博斯克率領西班牙隊先後獲得了2010年南非世界杯冠軍和2012年波蘭/烏克蘭歐洲杯冠軍，***率隊參賽64場，取得54勝，4平，6負的戰績，參賽場次位列西班牙歷史第二位，僅僅落後排在歷史第壹位的庫拉（1969-1980執教西班牙隊）4場。