1、是否簽訂合同，聘用制是以合同的形式確定事業單位與職工基本人事關系，而正式編制不需要簽訂合同。聘用制、合同制都是需要簽訂合同，權利及義務都在合同中體現。合同簽約時長根據受聘工作內容而定，通常時限遠比合同制員工短，福利待遇比合同制員工除了勞動法所要求的得到保障外，企業本身的壹些福利待遇是無法享受到的；
2、薪酬待遇不同，聘用制人員壹般是臨時工，其薪酬待遇由聘用單位發放，多少由單位決定，而正式編制是財政撥款，合同內定崗定酬，無法享受政府規定的事業單位加工資，加福利等待遇，不享受公費醫療住房補貼子女上學照度等政策，參加社保，工資需要交稅；社保的退休金是對照社會平均工資和交的社保基數綜合發放的，基本上是上壹年度的平均最低工資稍微高壹點，而事業單位有編制退休的拿退休前壹年度的全額平均工資，享受公費醫療；
3、退休後待遇不同，聘用制退休後很多不能享受公費醫療等，而正式編制納入國家養老體系；
4、編制不同，聘用制、合同制都是沒有事業單位編制的，編制員工是有編制的。
法律依據：《中華人民***和國公務員法》第十壹條
公務員工資、福利、保險以及錄用、獎勵、培訓、辭退等所需經費，列入財政預算，予以保障。
第十五條
公務員享有下列權利：
（壹）獲得履行職責應當具有的工作條件；
（二）非因法定事由、非經法定程序，不被免職、降職、辭退或者處分；
（三）獲得工資報酬，享受福利、保險待遇；
（四）參加培訓；
（五）對機關工作和領導人員提出批評和建議；
（六）提出申訴和控告；
（七）申請辭職；
（八）法律規定的其他權利。