（1）秋菇管理
秋菇生長過程中，氣候適宜，產量集中，壹般占總產量的70%。其管理要點是在保證出菇適宜溫度的前提下，加強通風，調水工作是決定產量的關鍵所在（參照下述調水技術）。
（2）冬菇管理
長江以北諸省，12月底到翌年2月底，氣候寒冷，構造好、升溫快、保溫性能強或有增溫設施的菇棚可使其繼續出菇，以獲豐厚回報。但在控溫、調水和通風等方面與秋菇、春菇管理有較大差異，要根據具體的氣溫靈活掌握，不可死搬硬套。11月始，氣溫逐漸下降，出菇量、生長速度、水分蒸發量也隨之下降，應逐漸控制通風次數和通風量，按“調水量≈水分蒸發量+出菇量”的原則，減少噴水次數和噴水量，並掌握好管理時間，各措施都要以“保溫”為主。具體如下：①及時拉放草簾，增加棚內溫度；②通風要在5～6天內選擇壹個艷陽溫暖的日子和時機進行壹次徹底通風，前後對流，然後再密封棚體以保溫；③調水要視水溫、氣溫及出菇情況酌情調加，忌調水量過大；④覆土層含水量“寧欠勿多”，以保證土層的良好透氣條件；適當撬松料層，保持床內菌絲的生長活力等。
升溫、保溫性能差的簡易棚，棚內溫度壹般在5℃以下，菌絲體已處於休眠狀態，子實體也失去應有的養分供給而停止生長，此時應采取越冬管理，否則會入不敷出，且影響春菇產量。越冬管理方法是：①打開前後通風口通風，至覆土層幹燥發白；②撬松料層，增強透氣；③耙松覆土層，挑去老根、雜物、病菇、死菇，剔除雜菌，汙染處用藥物處理；④土層薄的地方要補土，整平畦床；⑤隔10天左右，結合噴水，噴施1%糖、1%食鹽和5%草木灰澄清液。這種越冬方式為濕料越冬。還可用幹料越冬，即整理好床面後，覆土、通風、幹燥，直接進入越冬。
（3）春菇管理
2月底至3月初，日平均氣溫回升到10℃左右，此時進入春菇管理：①逐漸增加噴水次數和噴水量，但不能過急，提高土層含水量及空氣濕度，噴水後註意適當通風；②前期仍以增溫保溫為主，通風宜在中午進行，防止晝夜溫差過大，後期防高溫、幹燥，通風宜在早、晚；③出菇後期，菌床會變酸，可定期噴施石灰水進行調節。
春菇的第1批菇，由於培養基經過壹冬天的休養，營養較充足，如能通過科學、協調、漸進的管理，使菌絲體充分恢復活力，壹定能獲得高產；相反，如果在秋菇、冬菇期因調水、溫度管理不當對菌絲體造成損傷或因病蟲害預防不力導致培養基內病蟲基數過多等，春菇就很難有理想產量。