毛耳飛鼠身體比小飛鼠大，外形也有所不同。體長18～26厘米，尾長10～16厘米，後足長約3厘米，耳長約1—2厘米。它的體重為150克左右，是小型鼯鼠中較大的壹種。耳後緣有缺凹，其基部前後各有壹個長的毛簇，體毛密厚柔軟；頭部上面及體背面呈光澤的紅褐帶橙色，並有黑色閃光，有的呈棕褐色，也有的呈淺黃帶赤色，雜以褐斑或花自細斑紋；飛膜較大，背面黑褐色，略帶赤褐色，其前端邊緣呈鮮銹褐色，尾毛蓬松，略呈左右對分狀態，尾上面淡栗褐色或灰褐色。體腹面壹般為淡赤褐色或淺黃色或淡棕黃色，有時白色。前後足呈暗褐色或黃褐色，足被以長毛，將每壹個爪部分遮蓋起來。
毛耳飛鼠顱骨略為狹窄，其寬約為長的60.5%，鼻骨長明顯超過眶間寬，其後端中間尖突，略超出前頜骨後端。眶後突不發達，短而尖細，其前方無凹刻。腦顱甚為拱隆；腭骨後緣中間有尖突。
毛耳飛鼠頰齒構造甚為復雜，但齒冠較低；最後上前臼齒比臼齒小，不超過第壹上臼齒的齒冠面。臼齒的基本式樣與小飛鼠很相似，但齒脊皺褶、有深溝和凹陷。第壹上前臼齒位於第二大前臼齒前齒尖的內側。陰莖骨短而寬，從上面看約呈長方形，與鼯鼠屬的相似，但較短。