2006年3月，財團法人張榮發基金會以23億元購買市價40億的中國國民黨中央黨部大樓。張榮發表示，於該大樓規劃設置海事博物館、音樂表演廳等公益會場，同時要對國內外人士就文化藝術、急難救助、社會公益等領域，有卓越貢獻者予以表揚，以帶動國際間行善助人的風氣。部分民眾與民進黨立委指責此舉形同協助中國國民黨出脫“不當黨產”，張榮發認為“我買厝，是為了公益，不是為賺錢”。
2007年，宣示將投資新臺幣六十到壹百億元，引進日本“住友重機械工業株式會社”的重粒子線醫療技術。2008年7月，長榮集團預計將在臺北縣汐止鎮，成立“重粒子線醫療研究院”，預計3年內建造完成，最快於2011年開院100個病床治療癌癥病患。
2008年10月，不願與臺灣現有的教學醫院合作，堅持以“基金會”名義籌設，未設醫院，卻欲引進高輻射的重粒子線相關設備，被臺灣的衛生署告知資格不符，且未提出正式申請。張榮發怒罵：“誰會得癌癥不知道，但阻擋重粒子線的官員，上帝會懲罰他，這些人都會得癌癥。”宣告“不玩了”，籌備中的“重粒子線醫療研究院”裁撤，已經投入的籌備費用認賠，相關人員解散。