對於菲律賓政府的這些指控，中國外交部發言人陳健解釋說，中國在美濟礁上的建築，是“為了保護在南沙海域作業的漁民的生命安全，是壹種生產設施”，“中國方面從無拘留，也無逮捕任何菲律賓船只，也沒有在美濟礁上建立任何軍事基地”。
然而，菲律賓方面無視這些解釋，隨即做出軍事反應，把所有的戰鬥機調到南沙群島，在卡拉延增加駐軍。並於三月底出動海軍，把中國在五方礁，仙娥礁，信義礁，半月礁和仁愛礁等南沙島礁上設立的測量標誌炸毀。
甚至派出海軍巡邏艇，在空軍飛機的支援下，突然襲擊了停靠在半月礁附近的4艘中國漁船，拘留了船上62 名漁民，指揮他們“非法進入菲律賓專屬經濟區捕魚”，“非法破壞海洋自然環境”(註：盛力軍：《中菲南沙之爭的危險發展》，載《明報》月刊，1995年5 月號。)。5月13日，菲律賓軍方蓄意將爭議升級，組織了38名本國與外國記者，分別用船只和直升飛機載運到美濟礁進行所謂的“采訪”，企圖使美濟礁事件引起國際上的關註。 2014年5月7日，菲律賓高級海警諾埃爾·瓦爾加斯說，該國海事巡邏警察6日在南沙群島有爭議的半月礁海域扣押了壹艘載11名船員的中國漁船，具體地點在“菲律賓的專屬經濟區”內。
瓦爾加斯說：“這艘漁船目前被拖到（菲律賓西南的）巴拉望島，菲律賓方面將在那裏對漁船及有關人員提起訴訟。”據悉，被扣漁船上載約500只海龜。
漁船被扣地點距離巴拉望島約100公裏。海南省瓊海市兩艘漁船2014年5月6日上午10點“在南沙半月礁作業時，遭到不明武裝船只攔截和鳴槍威脅”。幾名不明身份的武裝男子強行登上其中壹艘漁船——“瓊瓊海09063”號，並向空中開了四至五槍。這些人隨後控制了這艘漁船。
附近的另壹艘漁船“瓊瓊海03168”號在看到武裝人員後開始撤離該水域。在撤離過程中，又遭遇了另壹艘武裝人員的船只，但成功逃脫。
2014年5月6日10時左右，瓊瓊海09063、瓊瓊海03168兩艘漁船在南沙半月礁作業時，遭遇不明武裝船只攔截和鳴槍威脅。瓊瓊海03168漁船成功撤離該海域，另壹艘漁船及11名漁民失聯。
2015年6月10日，《德國之聲》報道，菲律賓巴拉望省法院於6月8日下令釋放了這些漁民。