空軍總醫院組建於1956年，經過幾代醫務工作者40多年的不懈努力，現在已發展成為壹所現代化程度比較高的大型綜合性醫院。但在新形勢下，也面臨著壹些新情況、新問題。2000年1月，劉福祥接過醫院院長的重擔之後，帶領黨委壹班人深入分析研究醫院實際，科學制定了醫院“十五”規劃，提出了醫院建設“堅持打基礎、深入抓質量、突出上水平”的發展目標。他非常清醒地認識到，要實現這壹目標，自己任重而道遠。
當記者問及劉福祥在擔任院長以來，最大的挑戰是什麽。他說道：“挑戰有三點：壹是熱點，二是難點，三是重點。熱點是醫院人員最關心的住房問題，難點是醫院的管理工作，重點是如何抓好為部隊服務。”
圍繞著打基礎，劉福祥從解決難點、熱點和重點問題入手，立足於以人為本，大力改善醫療休養環境。在空軍、空後黨委首長的關心和支持下，這兩年，醫院興建了4.45萬平方米的綜合病房大樓，裝修改造了幹部病房樓，新增綠地2萬多平方米，極大地改善了傷病員的醫療休養環境。醫院還圍繞重點專業學科的技術建設以及各專業科室基礎建設，投入3000余萬元，新購置醫療儀器設備573臺（件），使醫院擁有的醫療設備總價值達到了2億余元。立足拴心留人，為解決住房難問題，劉院長提倡改變傳統分房觀念，引進市場經濟運作模式，采取上級撥壹些、醫院拿壹些、個人掏壹些的籌資辦法，在短短的兩年多時間裏，建起了總建築面積為4.6萬多平方米的住宅樓，為全院80%以上的醫務人員調整了住房，從根本上解決了住房難的矛盾，大大增強了醫院的凝聚力。
姓“軍”為兵，為提高空軍部隊戰鬥力提供保障，紮實做好為部隊服務工作，是這家醫院始終堅持的辦院宗旨。劉福祥上任以來，提出要保證“三個優先”，並建立和健全了飛行員和幹部醫療保健等3個專用診室。醫院先後明確了軍人專用掛號窗口、門診取藥窗口、計價收費窗口、檢查結果領取窗口等4個專用窗口，建立規範了“軍人急診就醫綠色通道”工作流程，有效地保證了急重癥傷病員的救治工作。劉福祥要求醫院工作的各個環節要突出三個重點，即突出衛勤戰備工作重點、飛行人員衛生保障重點和幹部醫療保健重點。在突出重點的過程中，要落實聯勤保障、院外服務、經費保障制度。醫院每年都派出由精兵強將組建的醫療隊，上高山、下海島，深入基層邊防部隊，為官兵送醫、送藥、送溫暖。3年來，醫院為部隊傷病員補貼醫療經費4700多萬元。
“醫療護理質量是醫院的生命線，是醫院生命力所在”，劉福祥深知這壹點。因此，他始終把質量建設作為貫穿各項工作的主線，堅持為廣大傷病員提供優質、高效的醫療服務。醫院黨委制定下發了《關於進壹步加強醫院質量建設的決定》，從為部隊服務、內涵建設、服務質量、醫療環節質量、全員培訓和機關工作作風六個方面，對醫院質量建設提出了具體的整改措施，夯實了醫院質量建設的基礎。針對醫療工作中的傾向性問題，醫院先後制定下發了《加強急診醫療工作管理規定》等16項規章制度，為醫療質量建設提供了有力的制度保障。劉福祥主持制定了醫院《醫德醫風獎勵處罰規定》，在全院大力宣揚醫德醫風先進典型，嚴肅查處違反醫德醫風的人和事，在全院建立了全方位、多層次的醫德醫風建設領導管理格局，健全了機關、醫務人員和患者三位壹體的監督網絡和院內外相結合的監督體系。
劉福祥認為，壹家醫院的綜合醫療水平，是醫院的標誌和形象，決定著醫院的生存和長遠發展。要提升醫院水平，人才是關鍵，團隊管理是重點。為了加強學科帶頭人自身水平的提高，醫院先後選派10余名學科帶頭人出國留學或到國內頂尖醫院進修學習。同時堅持引進與培養相結合的方針，引進高學歷人才26名。這兩年，劉福祥還下大力氣狠抓了醫院信息化建設和管理，僅硬件建設壹項就投入了500多萬元。目前，空軍總醫院的信息化建設已經走到了全軍的前列。
在團隊管理上，劉福祥主張要發揚團隊精神，構建優勢學科群，實行首席專家、學科帶頭人和技術骨幹三級負責制的管理辦法，達到以項目、課題帶動學科技術發展，促進人才隊伍建設的目的。在他的倡導下，醫院在不增加編制和經費的情況下，逐步實現了資源***享和優勢聚集。針對我軍新型第三代戰機機動性強、載荷大，飛行員容易引發脊椎疾病的問題，他們借助“優勢學科群”，將國家級重點專病建設項目“中西醫結合治療脊柱軟組織損傷”與飛行員脊椎疾病治療直接掛鉤，將航空兵部隊反饋的病例信息及時納入科研課題，在較短時間內完成了“新機型部隊飛行員脊柱疾病矯治和預防”等壹批重點攻關項目。新醫正骨療法在飛行員脊柱損傷和頸、腰部疼痛無創性治療方面達到國內外領先。
據統計，從籌劃到構建“優勢學科群”不到壹年的時間，該院已有4項科研成果榮獲全軍和北京市科技進步二等獎。2001年以來，醫院***獲得軍隊科技進步和醫療成果二、三等獎41項。