上海海關學院雖然作為廣大考生和家長報考的壹個熱門，但不值得報考的原因在於目前報考這所學校性價比不高。性價比不高體現在以下的方面：首先上海海關學院位於上海，是海關總署直屬的壹所普通本科院校，在大多數省份都屬於二本招生。但是由於它是行業特色院校，加上位於上海，所以它的錄取分數連年攀升，在很多省份都比壹本線還要高很多。其次學校小，能上的專業少，只有王牌專業優勢明顯。，最後專業報考要求嚴格，個別專業限制女生比例。
首先錄取分數線偏高。上海海關學院在綜合改革省份實行的是本科批錄取，在傳統高考省份實行的本科二批錄取，但是學校的錄取分數線卻接近600分。以重慶市和安徽省為例，2021年上海海關學院在安徽省文科錄取分數線為586分，理科為540分; 在重慶歷史類錄取分數線為566分,物理類為620分。從錄取分數線來看，這完全不是二本的分數線,而是壹本大學的錄取分數線， 甚至在重慶物理類錄取分數線達到620分,和985、211大學不相.上下，因此很多人認為高分報考壹個二本還排名不高的院校不值得， 浪費分數。
其次學校小，能上的專業少。上海海關學院的王牌專業是海關管理，而在海關公務員考試中，其實也只有這壹個專業優勢較大，其他專業壹樣競爭非常大，但是海關管理專業通常實行的是本科提前批錄取，專業錄取分數線非常高，因此如果不能被海關管理專業錄取的話，大多數人也不建議報考上海海關學院。
最後專業報考要求嚴格，個別專業限制女生比例。根據該校2021年招生章程，報考海關專業男性身高不低於168厘米，女性身高不低於158厘米,體型勻稱;雙眼矯正視力均不低於0.6 (標準對數視力4.8)，無明顯視功能損害眼病;五官端正,面部無疤痕等明顯特征和缺陷,無各種殘疾。如果是報考海關檢驗檢疫安全專業則要求雙眼矯正視力均不低於1.0 (標準對數視力5.0)，無明顯視功能損害眼病，且需要無色盲、色弱;雙側耳語聽力均不低於5米，無口吃，嗅覺不遲鈍。在男女錄取比例上，海關管理、海關檢驗檢疫安全專業錄取的女生比例不超過30%。