1930年3月，福建西部龍巖、上杭、永定、連城各縣地方武裝集中改編成紅九軍，軍長鄧偉、政治委員高靜山（後鄧子恢代）、政治部主任陳正、參謀長鄭益，下轄5個團，全軍3000余人。同年5月，根據中***中央軍委指示。紅九軍同紅四軍第三縱隊合編為紅十二軍,軍長鄧毅剛、政治委員鄧子恢、參謀長鄧萍、政治部主任陳正，下轄第三十四師：師長鄧毅剛（兼任）、政治委員劉型；第三十五師：師長胡少海、政治委員張際春。6月，該軍編入紅壹軍團。
同月，原紅四軍第四縱隊部分與閩西地方武裝合編成紅二十軍和紅二十壹軍。11月，兩軍編成新紅十二軍。此時新紅十二軍軍長賀沈祥（後左權代）、政治委員施簡、政治部主任李力壹。1931年底，新、老紅十二軍合並，與紅三十六師合編成統壹的紅十二軍，軍長遊瑞軒、政治委員黃蘇、參謀長林楚、政治部主任譚政。
1933年1月，紅十二軍根據命令改由紅壹方面軍總部直屬。同年6月，紅壹方面軍進行整編，取消了軍壹級編制，紅十二軍番號隨之取消。