鄭成功這次出軍有幾點很值得註意。第壹，鄭成功自起兵以來凡遇重大戰役都親臨指揮，這次入粵之戰對南明和清方都關系重大，西線是安西王李定國任主帥，給他的信中又反復強調了會師廣東的戰略意義，如說“粵事諧而閩、浙、直爭傳壹檄”，那麽，他為什麽不肯親自統軍西上呢？惟壹的解釋是他已有卸責於下的準備。第二，鄭成功在眾多將領中選擇林察出任水陸師正提督可謂獨具慧眼，永歷朝廷初立之時正是這位林察擁立紹武政權，大打內戰，這時讓他統軍接應永歷朝廷的主力在某種意義上確實是“最佳人選”。第三，鄭成功是壹位久歷戎行的統帥，在給其弟世忠信中也說自己“用兵老矣”，何況鄭軍同清軍作戰時幾次因救援不及時而失城喪師，他當然明白“勝負之際，間不容發”的道理，那麽，他在九月初收到定國諄諄囑咐的十月十五日為鄭軍到達指定位置的信後，為什麽要拖到十九日才調集官兵“克日南征”呢？第四，鄭成功自上年就已知道李定國東西夾攻，壹舉恢粵的計劃，其間定國還再三遣使催促他領兵接應。
在帆船時代裏，海上航行受季候風影響較大，無疑是事實。但在這樣長的時間裏鄭成功沒有出兵決不能用“風信非時”來解釋，否則，鄭、李使者又怎麽能往來海上？何況，上年（1653年）六月至八月鄭成功曾經率領舟師南下潮州、揭陽；下年（1655年）八月鄭成功又曾派舟師南下廣東，九月占領揭陽、普寧、澄海三縣，證明秋季並不是不可能南征。退壹步說，順治十年（1653）李定國計劃次年東西合攻廣東之時，具有豐富海上經驗的鄭成功如有會師誠意，也應當把海上用兵的最佳時間通知李定國，以便定國確定東西會師打響的月日。明眼人不難看出鄭成功的態度曖昧。第五，最引人註意的是，鄭成功派出的援師行動極其緩慢，有大造聲勢之形，無實際作戰之心。
從清方檔案來看，十月初壹日鄭成功發牌調集兵將，部署南征事宜；初四日他親臨銅山（今東山縣）視察兵丁、船工，“授輔明侯林察為正提督，閩安侯（周瑞）為副提督，管轄壹百艘大船，派往廣東與西部賊兵會合”①。十月二十二日，清廣東水師副將許龍報告，“上遊有數百只船集結，閩安侯周瑞、輔明侯林察有率兵南下之勢。蓋於二十三、二十四日起程，有言去碣石，有言去廣東”。十壹月十九日，林察部泊於南澳紮營，“商議軍務”。銅山距南澳不過百裏，鄭成功信中說“茲屆孟冬，北風飆起”，正值順風，壹天可到。鄭成功十月初四日在銅山閱兵命將，壹個半月之後才停泊南澳紮營商議什麽軍務。又過了壹個星期即十壹月二十五日至二十七日，林察等率領的舟師三百余艘進至廣東海豐磡寨村（當即瞰下寨，在海豐縣南海濱）。十二月初五日，林察領船只四百余號、士卒三萬余眾進抵平海所（今惠東縣平海）。同月十四日林察派出壹隊白艚船駛抵大鵬所（與平海隔大亞灣）征輸村寨糧米，在這裏遇著了廣東沿海義師李萬榮、陳奇策的隊伍，據清方偵察，李萬榮曾以豬、酒犒勞鄭軍。十五日，林察等部乘船三百余艘駛至佛堂門外（在虎門南面二百余裏處，距廣州四百余裏）①。
上文已說過李定國在新會戰敗的日期是十二月十四日，也就是林察所遣部分船只到大鵬所同李萬榮、陳奇策義師相遇的那壹天。當時李萬榮等只知新會正在激戰，不可能知道定國敗退，幾乎可以肯定是由於他們的極力勸說，林察才在壹天內即從平海進至佛門堂。大約幾天之後，他們必定從廣東義師處得到定國大軍戰敗急速西撤的消息，在海面觀望了很長時間（其中必有派人向鄭成功請示之事），於順治十二年（1655年）五月返回廈門。
明、清雙方留下的檔案和記載都表明，鄭成功雖然派出了軍隊，卻沒有參戰意圖。清閩、粵兩省高級官員非常註意鄭軍動向，向朝廷報告林察等南下的日期和活動頗為詳細，卻沒有任何交戰之事內容，也就是說林察、周瑞部決不是遭到清軍阻擊不能早日到達定國指定位置；從十月初四日到十二月十四日磨蹭了兩個月零十天才駛抵平海，派出部分兵船去大鵬所村寨征收糧食，而楊英記載林察、周瑞出兵時，他以戶科身分同忠振伯洪旭“照議”計發行糧十個月，可見也不是由於糧餉不足。剩下的惟壹解釋就是鄭成功在命將時即已親授機宜：不可假戲真做。這壹判斷不僅可以從上述鄭軍處處拖延時日上看出，從清方檔案和鄭方紀載中也找不到任何作戰痕跡，給人印象似乎是鄭成功組織了壹次大規模南海旅遊，對組織這次改變明、清戰局的戰役的李定國采取了虛與委蛇的手段，後果是十分嚴重的。
《臺灣外紀》卷四記林察、周瑞返回廈門後報告“舟師次虎頭門（即虎門），偵知李定國戰敗，梧州失守，不敢進兵，還師”。鄭成功玩弄權術，責備林察、周瑞等“勤王入援，君命原無俟駕，逗遛觀望而回，朝典何在？爾等合心畏避，當盡正罪”。隨即下令將周瑞“削職奪爵，解其兵柄，永不敘用”；林察等人降級有差。在給李定國的信裏寫道：“客歲蘧使遙來，同仇同袍之訂，甚符夙心。用是敿幹敹胄，大集樓船，方刻程期，而敝員李景復以臺命至，展讀再四，知殿下內急君父之憂，外切仇讎之痛；不佞恨不能征帆悠忽，直掃珠江，同挈故土以迎乘輿。詎意船師未到，而大師已先班回數日。有貴部官兵自粵來投者，細訊其故，蓋以驕兵致挫。勝負兵家之常，不足深憂。但敝船逗遛，既不能先期會師，又不能奮圖後援，實與有罪焉。已將水陸各將，審定功罪，乃知依違不前者，閩安侯周瑞，已重行捆責，革職閑住，乃念其有功，不然已正法矣。……”①
鄭成功對南征諸將的處理和復李定國書是大有講究的。1654年能否實現東西合擊，奏捷廣東，直接關系著永歷朝廷的前途，是非同小可的壹次重大戰略行動。鄭成功作為壹位傑出的政治家和軍事統帥決不至於看不到這壹點。他的信中輕描淡寫地說“勝負兵家之常，不足深憂”，把關鍵性戰略意圖未能實現等同於壹般戰役的勝負，可說是官樣文章。信中首先批評了李定國“驕兵致挫”，然後才談到自己的舟師“逗遛”、“依違不前”，意在把戰役失敗的主要責任歸咎於對方。我們不能說李定國沒有犯過驕傲輕敵的錯誤，但是新會戰役的失敗卻決不能說成是定國“驕兵致挫”。
在人員處理上，鄭成功治軍之嚴，在歷史上很著名，惟獨對這次對南明有決定命運意義的戰役中逗留不進的將領卻輕輕發落了事。林察是南征主將，鄭成功卻把“依違不前”的罪責加在副提督閩安侯周瑞頭上，原因是林察為鄭氏嫡系將領，周瑞原是魯監國將領，親疏之分顯而易見。順便說壹下，鄭成功的跋扈自雄在致定國信中也有充分的表現。按明、清制度大將專征時皇帝授予的最大權力僅限於副將以下違反節制可以不經請旨以上方劍處斬。周瑞位居侯爵，成功信中說“念其有功，不然已正法矣”，完全是壹國之主的口氣。總之，南征之役無功而返是按照鄭成功自己的意誌行事殆無疑義。
綜上所述，1653—1654年李定國策劃的廣東之役，是南明中興的最後壹次機會。定國計劃的重點是聯絡鄭成功東西合擊，配合廣東各地義師首先全殲廣東清軍，再展宏圖。在這三股抗清力量中，李定國軍和廣東義師都是全力以赴的，只是由於鄭成功誌不在此，終於功虧壹簣。廣東義師為了實現定國的戰略意圖表現的積極性頗足稱贊。在定國新會戰役失敗之後負責聯絡廣東義師的明兩廣總督連城璧仍然為這壹東西合擊戰略奔走呼號。他在1655年六月給永歷朝廷的奏疏中呼籲：“所望西師迅發，閩帆再揚，而臣與輔臣郭之奇壹鼓再鼓，乘敵之疲，用我之壯，粵東不足平也。”①次年（1656，順治十三年，永歷十年）七月，連城璧又在疏中說他聯絡的粵中義師“堅處海濱，……枕戈以待王師重來，與閩師期會，收前此未濟之功”②。由於李定國在新會戰役中兵員器械損失較大，又急於趕赴安龍迎接永歷帝入滇，顧不上粵東戰場了。大好良機付之東流，曷勝浩嘆。
東進臺灣
1661年康熙皇帝初即位，之前的鄭氏降將黃梧陳滅賊五策，包括長達20年的遷界令，自山東至廣東沿海廿裏，斷絕鄭成功的經濟支援；毀沿海船只，寸板不許下水；同時殺成功之父鄭芝龍於寧古塔流徙處，（壹說斬於北京柴市口，即今府學胡同西口，元代刑場）；挖鄭氏祖墳；移駐投誠官兵，分墾荒地。由於清政府的新策略，鄭成功和他的軍隊斷絕了經濟來源，面臨著嚴重的財政危機，不得不放棄以近岸離島為基地，騷擾東南沿海的軍事策略，轉而進攻已久為大航海時代以來遠渡重洋來到亞洲的葡萄牙人、西班牙人、英國人、荷蘭人所分別殖民割據的臺灣，作為新的基地，這壹年三月二十三，鄭成功親率將士2.5萬、戰船數百艘，自金門料羅灣出發，經澎湖，出敵不意地在鹿耳門及禾寮港登陸。先以優勢兵力奪取荷軍防守薄弱的赤嵌城（今臺南市內），繼又對防禦堅固的首府臺灣城（今臺南市安平區）長期圍困。經過九個月的苦戰，在早年由其父協助渡海的漢人移民的支持下於1662年打敗荷蘭人，迫使殖民總督揆壹於同年十二月十三日（1662年2月1日）簽字投降，撤離臺灣。於是祭告山川，頒屯墾令，開東寧王國，立鄭家天下，擁有現在臺灣南部以及壹部份東部的土地，設“承天府”，改臺南為“東都”，以示候明永歷帝東來之意，爭取明朝遺臣效忠。另辟海外乾坤、抗清朝於海外。同年4月間傳來桂王朱由榔死於緬甸的消息。雖然仍有其他明朝宗室在臺，但成功已決定不再擁立新帝，自為臺灣之主。鄭成功在臺灣成立第壹個漢人政權，然而，因為當時熱帶地方衛生條件不好，鄭成功感染時疫，終於病倒，同年5月病逝，享年39歲。原葬臺南洲仔尾，1699年遷葬南安祖墓。傳說被鄭經害死。康熙皇帝題撰挽聯：“四鎮多貳心，兩島屯師，敢向東南爭半壁；諸王無寸土，壹隅抗誌，方知海外有孤忠。”
1662年打敗侵占臺灣38年之久的荷蘭殖民主義者，收復了我國神聖領土，寫下這首《復臺》詩：“開辟荊榛逐荷夷，十年始克復先基；田橫尚有三千客，茹苦間關不忍離。”
鄭成功的兒子鄭經繼續經營臺灣，改東都為東寧。依陳永華之議，移植明朝中央官制，對內雖仍奉已死的明永歷帝之正朔，與中國內陸清王朝之順治、康熙各朝互不統屬，對外則自稱“東寧王國”，始有開國長治之想，經營成效斐然。後因降將施瑯師法鄭成功當年進攻荷蘭人故技，攻克澎湖島，因此孫子鄭克塽於1683年降清，為免臺灣民眾起反抗之心，鄭氏在臺諸墳悉數遭清王朝掘起遷葬中國內陸。1684年4月，臺灣（時為臺灣府）正式納入大清帝國版圖，隸屬福建省，下設臺灣縣，鳳山縣與諸羅縣，總計鄭氏政權在臺灣只有短短二十幾年的時間而已，但是因為其特殊背景，因此不只是臺灣的歷史學家重視，還廣受中國以及日本的史界註目，提出各種不同的有趣觀點。
對海外華人的保護
1647年1月，鄭成功在烈嶼起兵抗清後，於轉戰中國大陸東南部期間，多次幫助明室宗族與民眾渡海定居臺灣及東南亞各地。抗清期間，鄭成功為了籌備糧餉而大力發展海外貿易，當時荷蘭人常劫奪鄭氏和海外華人商船，鄭成功多次派出水軍打擊荷蘭艦隊，並於1656年到1660年期間兩次警告荷蘭人，鄭氏將不會與荷蘭貿易，除非荷蘭人停止劫奪華人的商船。另外，鄭成功讓華商領取鄭府令牌和“國姓爺”旗號，以幫助保護華人在海外經商時的安全。當時確有很多海外華商采取此法，而得以安全出海經商。
多次欲攻取菲律賓
1565年，西班牙殖民統治菲律賓，菲律賓這個名字，就是來自西班牙國王菲利普二世的名字。1603年和1639年，西班牙殖民者二次屠殺在菲律賓的華僑華商，死亡人數達五萬余眾。
在得知菲律賓華僑的處境後，1657年，鄭成功曾經致函給爪哇島巴達維亞的壹位華僑甲必丹，要求他停止與菲律賓的西班牙殖民者進行貿易往來。鄭成功曾多次對菲律賓華僑表示關切，並提出要率兵攻取菲律賓，以懲罰西班牙人。
1662年，鄭成功攻下臺灣後，遣使到菲律賓向西班牙總督遞交國書，譴責其殺戮掠奪華僑的罪行，嚴令其改邪歸正，俯首納貢，但西班牙人反而因此在馬尼拉進行了第三次對華僑的屠殺。
鄭成功聞訊大怒，決定揮師征討，為華僑報仇。他壹面撫恤安置從菲律賓逃到臺灣的華僑，壹方面組織籌備軍隊，派人暗中與在菲律賓的華僑聯絡，以到時可裏應外合，但還沒出兵，他得知兒子鄭經在廈門跟奶媽陳氏通奸，鄭成功勃然大怒，命部將鄭泰殺鄭經，鄭泰因不忍而抗命，又患瘧疾，不久病危，1662年6月23日病逝。
後來，其鄭經也於1670年和1671年兩次準備派艦隊征討馬尼拉，但最終沒有出兵。