中藥保護品種的保護期限：中藥壹級保護品種分別為三十年、二十年、十年。中藥二級保護品種為七年。
中藥品種保護證書的審批和核發部門是各省市場監督管理部門。受保護的中藥品種分為壹級、二級。壹級保護品種的保護期限分別為三十年、二十年、十年，每次延長的保護期限不得超過第壹次批準的保護期限；二級保護品種的保護期限為七年，保護期滿後可以延長七年。
申請辦理中藥品種保護的程序：
（壹）中藥生產企業對其生產的符合本條例第五條、第六條、第七條、第八條規定的中藥品種，可以向所在地省、自治區、直轄市中藥生產經營主管部門提出申請，經中藥生產經營主管部門簽署意見後轉送同級衛生行政部門，由省、自治區、直轄市衛生行政部門初審簽署意見後，報國務院衛生行政部門。特殊情況下，中藥生產企業也可以直接向國家中藥生產經營主管部門提出申請，由國家中藥生產經營主管部門簽署意見後轉送國務院衛生行政部門，或者直接向國務院衛生行政部門提出申請。
（二）國務院衛生行政部門委托國家中藥品種保護審評委員會負責對申請保護的中藥品種進行審評。國家中藥品種保護審評委員會應當自接到申請報告書之日起六個月內做出審評結論。
（三）根據國家中藥品種保護審評委員會的審評結論，由國務院衛生行政部門征求國家中藥生產經營主管部門的意見後決定是否給予保護。
法律依據：《中藥品種保護條例》第九條申請辦理中藥品種保護的程序：
（壹）中藥生產企業對其生產的符合本條例第五條、第六條、第七條、第八條規定的中藥品種，可以向所在地省、自治區、直轄市人民政府藥品監督管理部門提出申請，由省、自治區、直轄市人民政府藥品監督管理部門初審簽署意見後，報國務院藥品監督管理部門。特殊情況下，中藥生產企業也可以直接向國務院藥品監督管理部門提出申請。
（二）國務院藥品監督管理部門委托國家中藥品種保護審評委員會負責對申請保護的中藥品種進行審評。國家中藥品種保護審評委員會應當自接到申請報告書之日起六個月內作出審評結論。