《瘋狂動物城》講述了在壹個所有動物和諧***存的美好世界中，兔子朱迪從小就夢想著成為壹名懲惡揚善的警察，卻因為種族和身材受到歧視只能當壹名交警。朱迪在執勤的過程中遇見了名為尼克的狐貍，兩人不打不相識壹起執行尋找失蹤水獺的任務，意外揭露了羊副市長破壞動物城和諧的陰謀故事，塑造出壹個勇於追求夢想的兔子形象和聰明正義的狐貍形象，探討了夢想與現實的關系以及種族歧視等問題，倡導人與人之間要摒棄性別/身份/民族的偏見，***同追求愛與和平。
故事大綱:
從小就夢想著成為壹名懲惡揚善的警察朱迪經過重重阻礙以優秀畢業生的身份順利從警校畢業，卻在動物城警察局牛局長的安排下只能當壹名給汽車貼罰單的交警。在壹次執勤的過程中遇見了壹名形跡可疑的狐貍尼克，跟蹤狐貍之後發現他騙取大象的巨無霸冰激淋制作成爪爪冰激淋賣給倉鼠謀取暴利。
動物城***有14起食肉性動物失蹤案，立功心切的朱迪主動請纓，但牛局長卻只給她48個小時尋找失蹤的水獺艾米。朱迪發現尼克與水獺艾米失蹤案有所關聯，便以尼克偷稅漏稅的罪名威脅他與自己壹起查找失蹤水獺的線索。在尼克的幫助下，他們在自然主義俱樂部獲知失蹤水獺的最後去向，並得到了水獺艾米乘坐汽車的車牌號。
朱迪和尼克來到車管所通過樹懶閃電查到了汽車最後的停留地點，兩人立即前往冰川鎮豪車服務中心，在汽車上尋找相關線索時不慎被鼠幫頭目大先生捉住，本將被殺人滅口，卻被大先生的女兒攔下。大先生為報答朱迪救了自己女兒的恩情邀請他們參加女兒的婚禮，並告知朱迪和尼克水獺失蹤當天突然發瘋襲擊自己司機的事情，並提供自己司機的住址讓他們前去調查事情的真相。
朱迪和尼克來到藤蔓街大先生的司機美洲豹麥岔的家門口，詢問麥岔先生有關失蹤水獺艾米的事情，得知水獺艾米發瘋後壹直叫著午夜嚎叫，並瘋狂的襲擊了他。當詢問即將有進壹步突破時，麥岔突然發瘋，叫著午夜嚎叫，向朱迪和尼克撲過來。朱迪和尼克拼命逃跑並向警察局尋求支援，在美洲豹的步步緊逼之下，兩人九死壹生。牛局長和其他警察趕來之後，美洲豹竟然失蹤了。朱迪遭遇信任危機，牛局長逼迫她交出警徽，尼克出手相救，兩人繼續尋找水獺艾米。
在市政廳羊副市長的幫助下，兩人進入城市交通系統，通過交通探頭發現美洲豹被幾只森林狼帶到了懸崖收容所。兩人躲過森林狼的耳目進入了懸崖收容所，發現這裏居然藏著失蹤的全部哺乳類食肉性動物，他們被分別關押在牢籠裏。朱迪找到了水獺艾米，告知艾米他的家人十分想念他，艾米完全沒有聽進去想要襲擊朱迪。當收容所大門即將打開的時候，朱迪和尼克趕緊躲在了牢籠後面，發現獅市長和醫生走了進來爭吵著這些動物為何而發瘋帶有攻擊性的問題。朱迪拿出手機全程錄像，不料電話聲響起，他們被發現了。朱迪和尼克從大號馬桶裏逃了出去，並將證據交給警局，獅市長被逮捕了。
警察局和市政廳壹起召開記者會，朱迪在接受記者采訪時談論這些食肉性動物突然具有攻擊性的問題時慌不擇言，將事實真相指向食肉性動物的本性，遭到了同伴尼克的不滿，也讓食肉性動物和食草性動物心存芥蒂，動物城失去了之前的和平美好，陷入了混亂。
羊市長邀請朱迪成為警察局的代言人，遭到了朱迪的拒絕，朱迪摘下警徽返回兔窩鎮幫助爸媽賣胡蘿蔔。在爸媽的言談中得知午夜嚎叫其實是壹種花，叔叔曾誤食午夜嚎叫變得具有攻擊性。朱迪明白了事件的前因後果，前去動物城尋找尼克***同尋找事實的真相。
朱迪和尼克在追蹤午夜嚎叫時發現公羊道格在廢舊的列車車廂裏培育午夜嚎叫並制作成子彈攻擊食肉性動物的證據，準備將全部證據移交警察局。她開動廢棄的列車車廂，卻遭到了犯罪團夥的攻擊，老舊列車與軌道摩擦起火燒毀了證據。唯壹的證據就是尼克手中的兇手所用的槍和子彈。
朱迪和尼克欲從國家博物館進入警察局移交證據，羊市長帶著保鏢前來殺人滅口。朱迪在逃跑的過程中受了傷，證據被羊市長搶走了。羊市長沖尼克打了壹槍，尼克突然變得野蠻起來，準備去攻擊朱迪。羊市長得意洋洋，告知朱迪壹切都是自己謀劃好的。但羊市長沒有想到尼克和朱迪只是演了壹場戲，真正的子彈在尼克手中，而自己的演講被朱迪全程錄了下來，成為自己定罪的證據。警察趕來，羊市長被逮捕入獄。
被害的動物吃了醫生制作的解藥後漸漸恢復正常。朱迪參加動物城警察學校的畢業典禮並發表演講，親手為尼克戴上警徽。
動物城又恢復了之前的和諧美好。