按照國家管理體制，鎮衛生院接受鎮政府、縣（市）衛生局雙重管理。衛生系統，首先是垂直管理體系接受上級醫療機構的業務管理，其次就是橫向接受本級政府機構的行政管理，這種管理體系延續了很多年，隨著國家治理體系和治理能力改革的不斷深入，正在朝著更加科學、更有效率的方向發展。
鄉鎮衛生院是縣或鄉設立的壹種衛生行政兼醫療預防工作的綜合性機構。其主要職能是：
1、鄉鎮衛生院以公***衛生服務為主，綜合提供預防、保健和基本醫療等服務。
2、加強農村疾病預防控制，做好傳染病、地方病防治和疫情等農村突發性公***衛生事件報告工作，重點控制嚴重危害農民身體健康的傳染病、地方病、職業病和寄生蟲病等重大疾病。
3、認真執行兒童計劃免疫。積極開展慢性非傳染性疾病的防治工作。
4、做好農村孕產婦和兒童保健工作，提高住院分娩率，改善兒童營養狀況。
5、積極做好新型農村合作醫療的服務、計劃生育技術指導、康復等工作。
6、開展愛國衛生運動，普及疾病預防和衛生保健知識，指導群眾改善居住、飲食、飲水和環境衛生條件，引導和幫助農民建立良好的衛生習慣。
衛生院上級部門是衛生廳。不同級別的醫院，其上級主管部門不同，最基層的醫院是鄉鎮衛生院，其上級主管部門是縣衛生局，縣人民醫院，中醫院，婦幼保健院縣疾控中心雖與縣衛生局同級別，但屬其管理。其屬市衛生局直接領導，是其上級。市級醫院歸市衛生局管轄，其上級是省衛生廳，省級醫院是省直屬醫院。其上級是衛生部，還有中央直屬醫院。
法律依據
《醫療機構管理條例實施細則》
第三條 醫療機構的類別：
（壹）綜合醫院、中醫醫院、中西醫結合醫院、民族醫醫院、專科醫院、康復醫院；
（二）婦幼保健院、婦幼保健計劃生育服務中心；
（三）社區衛生服務中心、社區衛生服務站；
（四）中心衛生院、鄉（鎮）衛生院、街道衛生院；
（五）療養院；
（六）綜合門診部、專科門診部、中醫門診部、中西醫結合門診部、民族醫門診部；
（七）診所、中醫診所、民族醫診所、衛生所、醫務室、衛生保健所、衛生站；
（八）村衛生室（所）；
（九）急救中心、急救站；
（十）臨床檢驗中心；
（十壹）專科疾病防治院、專科疾病防治所、專科疾病防治站；
（十二）護理院、護理站；
（十三）醫學檢驗實驗室、病理診斷中心、醫學影像診斷中心、血液透析中心、安寧療護中心；
（十四）其他診療機構。
第七條 衛生計生行政部門依法獨立行使監督管理職權，不受任何單位和個人幹涉。