1．特異功能現象不穩定，難以任意重復，尤其在對特異功能進行嚴格的考察和實驗時，考察、實驗條件越嚴格，特異功能可重復性越低，演示成功的可能性越小。造成這種狀況的原因主要是特異功能是在特異狀態下實現的（這種狀態可稱為特異態或功能態，特異態與正常態的顯著區別在於，特異態時邏輯思維中斷，發功者要進入松靜狀態或以壹念代萬念）。特異態受功能者當時的情緒、周圍的環境影響很大。尤其在進行嚴格實驗時，受試者心理緊張、情緒波動等因素會影響受試者進入特異態，或根本進不了特異態，因而影響演示的可重復性。
2．特異功能現象超出了現代自然科學的知識範圍，無法解釋。
很多科學家曾經針對壹些特異功能現象提出過壹些假說。但這些假說往往只能牽強地解釋這些現象，而不能解釋其它現象，或者就這些現象稍作調整便不能自圓其說。
如有的學者認為人體特異功能與電磁輻射有關。很多功能者在發功時能對檢測電磁波的儀器產生影響，使其指針擺動或有所顯示，由此看來似乎電磁輻射理論能夠成立。但是進壹步的實驗又否定了這個理論，在進行實驗時若把檢測電磁波的探頭或其它接受部件去掉，檢測儀器的指針仍然擺動或有所顯示。
又如用意念使物體穿越實物屏障，特異功能者可用意念使封在玻璃瓶中的藥片從瓶底掉下來，用高速攝影機記錄這壹過程，從高速攝影的照片上可以看到完整的藥片壹點壹點的穿越玻璃瓶。面對這壹現象科學家們提出了物質異態說。認為藥片在穿越瓶子時是處在異態之中，這時藥片中的分子間力減弱了或者不存在了，藥片便可從瓶底掉出。但這卻是用未知解釋未知，因為人們既不知道這種異態為何物，也不知道它的分子間力為什麽消失了，以及照片上的藥片為什麽在這時仍然還是壹個完整的形象。
另壹些現象更使得現代自然科學壹籌莫展。所以，蘭州大學物理系的王水在“物理學面臨的危機”壹文中說：“正如恩格斯所說：‘凡在人類歷史的領域中是現實的，隨著時間的推移，都會成為不合理的，因而按其本性來說已經是不合理的，壹開始就包含著不合理性’。如今不管妳是否原意相信，物理學畢竟又出現了危機：在中國傳統文化之壹的氣功和由來已久的人體特異功能面前，已有的物理學手段和規律都顯得無能為力。”“物理學的危機早已開始，革命迫在眉睫。”“對於從事物理學研究的人，‘氣功與特異’是壹個方向，但願能有更多的人從事這壹探索。”