國防系統各單位申請涉及國家安全需要保密的發明創造專利時，應當提交國防科技主管部門設立的專利機構。專利局將審查這些申請並提出意見。其他專利申請應當直接向中國專利局提出。
申請人根據國家有關保密規定申請保密專利或者請求保密審查時，應當在請求書中的“保密請求”欄內註明“√”。專利局受理這類專利申請後，會按照保密程序處理申請。需要進行保密審查的發明創造專利申請，應當轉送國務院各部、委、局或者直接管轄該行業的總公司進行審查。
上述主管機關應當自收到上述申請文件之日起4個月內，對該申請是否需要保密進行審查，並將審查結果通知專利局。經主管部門審查，需要保密的發明創造專利申請，由專利局按保密專利處理，並通知申請人。不需要保密的發明創造專利申請，由專利局按照壹般專利申請的審批程序審查處理，並通知申請人。
需要註意的是，只有發明專利請求有“保密請求”壹欄。實用新型或者外觀設計專利申請不能提出保密請求。